| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-30 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GUAAACA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-30c-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-30-P1a Cpo-Mir-30-P1b Cpo-Mir-30-P1d Cpo-Mir-30-P2a Cpo-Mir-30-P2d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-30-P2b Ami-Mir-30-P2b Bta-Mir-30-P2b Cfa-Mir-30-P2b Cja-Mir-30-P2b Cli-Mir-30-P2b Cmi-Mir-30-P2b Cpi-Mir-30-P2b Dno-Mir-30-P2b Dre-Mir-30-P2b Eca-Mir-30-P2b Ete-Mir-30-P2b Gga-Mir-30-P2b Gja-Mir-30-P2b Gmo-Mir-30-P2b Hsa-Mir-30-P2b Laf-Mir-30-P2b Lch-Mir-30-P2b Loc-Mir-30-P2b Mal-Mir-30-P2b Mdo-Mir-30-P2b Mml-Mir-30-P2b Mmr-Mir-30-P2b Mmu-Mir-30-P2b Mun-Mir-30-P2b Neu-Mir-30-P2b Oan-Mir-30-P2b Ocu-Mir-30-P2b Pab-Mir-30-P2b Pbv-Mir-30-P2b Rno-Mir-30-P2b Sha-Mir-30-P2b Spt-Mir-30-P2b Sto-Mir-30-P2b Tgu-Mir-30-P2b Tni-Mir-30-P2b Xla-Mir-30-P2b1 Xla-Mir-30-P2b2 Xtr-Mir-30-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_4: 54621135-54621195 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-30-P2b) |
Mir-30-P1b
scaffold_4: 54598662-54598723 [+]
UCSC
Mir-30-P2b scaffold_4: 54621135-54621195 [+] UCSC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCAGCCUAGAGAGCACUGAGUGACAGAUACUGUAAACAUCCUACACUCUCAGCUGUGGACAGUAAGGAGCUGGGAGAAGGCUGUUUACUCUCUCUGCCUUGGAAAUCAACUAAAGAGAACUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCAGCCUAGAGAGCACU----| UGA UACU U ACA GUGGAC GAG CAGA GUAAACA CCU CUCUCAGCU \ UUC GUCU CAUUUGU GGA GAGGGUCGA A UCAAGAGAAAUCAACUAAAGG^ C-- CUCU C A-- GGAAUG . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Cpo-Mir-30-P2b_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046907 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UGUAAACAUCCUACACUCUCAGCU -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Cpo-Mir-30-P2b_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0046909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- CUGGGAGAAGGCUGUUUACUCU -61
Get sequence
|
