MirGeneDB ID | Dpu-Mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-275 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CAGGUAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dpu-mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-275 Aga-Mir-275 Bge-Mir-275 Csc-Mir-275 Dan-Mir-275 Dlo-Mir-275 Dma-Mir-275 Dme-Mir-275 Dmo-Mir-275 Dsi-Mir-275 Dya-Mir-275 Gpa-Mir-275 Hme-Mir-275 Isc-Mir-275 Lpo-Mir-275-P3 Lpo-Mir-275-P4-v1 Lpo-Mir-275-P4-v2 Lpo-Mir-275-P5 Lpo-Mir-275-P6 Lpo-Mir-275-P7 Tca-Mir-275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Arthropoda | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_4: 1790740-1790804 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-275) |
Mir-275
DAPPUscaffold_4: 1790740-1790804 [+]
Ensembl
Mir-305 DAPPUscaffold_4: 1791164-1791251 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GACAAUCAUUUCAUAUUACUGGCCACUCCCCGUGCUGCGACAGGUGCUUCCGGCUGUGUUAAUAAUUGCGAGUCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCGGAGUGGCUCGGAACGAUCUCCAUUUUACUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GACAAUCAUUUCAUAUUA- -| C GA CC GUGUUAA CUG GCCACUCC CGUGCUGC CAGGUGCUU GGCU \ GGC CGGUGAGG GCGCGAUG GUCCAUGGA CUGA U GUCAUUUUACCUCUAGCAA U^ C AA -- GCGUUAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dpu-Mir-275_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- CGUGCUGCGACAGGUGCUUCCGGCU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dpu-Mir-275_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0012651 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UCAGGUACCUGAAGUAGCGCGCG -65
Get sequence
|