| MirGeneDB ID | Dpu-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-305 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UUGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Common water flea (Daphnia pulex) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | dpu-mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aae-Mir-305 Aga-Mir-305 Asu-Mir-305 Bge-Mir-305 Cbr-Mir-305-P1 Cbr-Mir-305-P2 Cbr-Mir-305-P3 Cel-Mir-305-P1 Cel-Mir-305-P2 Csc-Mir-305 Dan-Mir-305 Dlo-Mir-305 Dma-Mir-305 Dme-Mir-305 Dmo-Mir-305 Dsi-Mir-305 Dya-Mir-305 Gpa-Mir-305 Hme-Mir-305 Isc-Mir-305 Lpo-Mir-305-P4 Lpo-Mir-305-P5 Lpo-Mir-305-P6 Lpo-Mir-305-P7 Lpo-Mir-305-P8 Tca-Mir-305 Tur-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Daphnia_pulex.V1.0) |
DAPPUscaffold_4: 1791164-1791251 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-305) |
Mir-275
DAPPUscaffold_4: 1790740-1790804 [+]
Ensembl
Mir-305 DAPPUscaffold_4: 1791164-1791251 [+] Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CAAGAGAGAAAAGAGAAGCACCUGUUGUUCAUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGGUCAAUCGUACGUGAACGUUUCCUUUCUGGAAAUCAUAUUCCCGGCACCUGCUGGAGUGCAAUUGAUGCGAAAGUGCAUUCUGCAUCCAUCUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 70 CAAGAGAGAAAAGAGAA- CUG - -| U CU UCAAUCGUACGUGAACGUU GCAC UUGU UC AUUGUACUUCA CAGGUGCU GG \ CGUG AGCG AG UAACGUGAGGU GUCCACGG CC U UUUUCUACCUACGUCUUA AA- U U^ C C- UUAUACUAAAGGUCUUUCC 140 130 120 110 100 90 80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Dpu-Mir-305_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0018924 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGG -24
Get sequence
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| Star sequence | Dpu-Mir-305_3p* |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
65- CGGCACCUGCUGGAGUGCAAUUG -88
Get sequence
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