MirGeneDB ID | Dsi-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-305 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila simulans) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dsi-mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-305 Aga-Mir-305 Asu-Mir-305 Bge-Mir-305 Cbr-Mir-305-P1 Cbr-Mir-305-P2 Cbr-Mir-305-P3 Cel-Mir-305-P1 Cel-Mir-305-P2 Csc-Mir-305 Dan-Mir-305 Dlo-Mir-305 Dma-Mir-305 Dme-Mir-305 Dmo-Mir-305 Dpu-Mir-305 Dya-Mir-305 Gpa-Mir-305 Hme-Mir-305 Isc-Mir-305 Lpo-Mir-305-P4 Lpo-Mir-305-P5 Lpo-Mir-305-P6 Lpo-Mir-305-P7 Lpo-Mir-305-P8 Tca-Mir-305 Tur-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Drosophila_simulans.ASM75419v3.dna.toplevel) |
2L: 7179853-7179913 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-305) |
Mir-275
2L: 7179688-7179749 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-305 2L: 7179853-7179913 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCCAUGUGUAUCAACUGUCUCCCAUGUCUAUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGGUGUGUCUCGUAACCCGGCACAUGUUGAAGUACACUCAAUAUGAGGCGAUUUGCAUACGAAAGCGACCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCCAUGUGUAUCAACU- U -| CUAU U G CU UGUGU GUC CC CAUGU UGUACUUCA CA GUGCU GG C UAG GG GUAUA ACAUGAAGU GU CACGG CC U CCAGCGAAAGCAUACGUU C A^ ACUC U A C- AAUGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There are several snps between the mirbase entry and this entry. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Dsi-Mir-305_5p |
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mirBase accession | MIMAT0008860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGG -24
Get sequence
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Star sequence | Dsi-Mir-305_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGGCACAUGUUGAAGUACACUCA -61
Get sequence
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