MirGeneDB ID | Dan-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-305 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGUACU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Fruit fly (Drosophila ananassae) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dan-mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aae-Mir-305 Aga-Mir-305 Asu-Mir-305 Bge-Mir-305 Cbr-Mir-305-P1 Cbr-Mir-305-P2 Cbr-Mir-305-P3 Cel-Mir-305-P1 Cel-Mir-305-P2 Csc-Mir-305 Dlo-Mir-305 Dma-Mir-305 Dme-Mir-305 Dmo-Mir-305 Dpu-Mir-305 Dsi-Mir-305 Dya-Mir-305 Gpa-Mir-305 Hme-Mir-305 Isc-Mir-305 Lpo-Mir-305-P4 Lpo-Mir-305-P5 Lpo-Mir-305-P6 Lpo-Mir-305-P7 Lpo-Mir-305-P8 Tca-Mir-305 Tur-Mir-305 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Cryptovermes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Dana_caf1) |
scaffold_12916: 15334171-15334231 [+] Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-305) |
Mir-275
scaffold_12916: 15334009-15334068 [+]
Ensembl
Mir-305 scaffold_12916: 15334171-15334231 [+] Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GUAUUUUUGAGAAAUAUGUCUCCCAUGUCUAUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGGUGUCCACCGUAACCCGGCACAUGUUGAAGUACACUCAAUAUGAGGCGAAUGUCAAACGAAGAGUUCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GUAUUUUUGAGAAAUAUG- U -| CUAU U G CU UGUCC UC CC CAUGU UGUACUUCA CA GUGCU GG A AG GG GUAUA ACAUGAAGU GU CACGG CC C UCUUGAGAAGCAAACUGUA C A^ ACUC U A C- AAUGC . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dan-Mir-305_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0008464 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUUGUACUUCAUCAGGUGCUCUGG -24
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dan-Mir-305_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CGGCACAUGUUGAAGUACACUCA -61
Get sequence
|