| MirGeneDB ID | Gmo-Mir-196-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cod (Gadus morhua) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gmo-Mir-196-P1a Gmo-Mir-196-P4a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-196-P1 Ami-Mir-196-P1 Bta-Mir-196-P1 Cfa-Mir-196-P1 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P1 Cli-Mir-196-P1 Cmi-Mir-196-P1 Cpi-Mir-196-P1 Cpo-Mir-196-P1 Dno-Mir-196-P1 Dre-Mir-196-P1b Eca-Mir-196-P1 Ete-Mir-196-P1 Gga-Mir-196-P1 Gja-Mir-196-P1 Hsa-Mir-196-P1 Laf-Mir-196-P1 Lch-Mir-196-P1 Loc-Mir-196-P1 Mal-Mir-196-P1b Mdo-Mir-196-P1 Mml-Mir-196-P1 Mmr-Mir-196-P1 Mmu-Mir-196-P1 Mun-Mir-196-P1 Neu-Mir-196-P1 Oan-Mir-196-P1 Ocu-Mir-196-P1 Pab-Mir-196-P1 Pbv-Mir-196-P1 Pma-Mir-196-o1 Sha-Mir-196-P1 Spt-Mir-196-P1 Sto-Mir-196-P1 Tgu-Mir-196-P1 Tni-Mir-196-P1b Xtr-Mir-196-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gadus_morhua.gadMor1.dna.toplevel) |
contig689238: 4120-4178 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUUGAAGGAAAAGUGGGCUGUUGAGUGGUUUAGGUAGUGUCAUGUUGUUGGGCUUUUUCUUUUUCUCCCACAACACCAACCUGCAUUGAUUACCACAGUAAGACUCGUCGACGACACAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUUGAAGGAAAAGUGGG----| U A UAG U CA- U CUUUUU CUGU G GUGGUU GUAG GU UGUUGU GGG \ GACA C CAUUAG CGUC CA ACAACA CCU C AACACAGCAGCUGCUCAGAAU^ - - UUA - ACC C CUUUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gmo-Mir-196-P1b_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGUAGUGUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Gmo-Mir-196-P1b_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CCACAACACCAACCUGCAUUGA -59
Get sequence
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