MirGeneDB ID | Gja-Mir-196-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gja-Mir-196-P3 Gja-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-196-P1 Ami-Mir-196-P1 Bta-Mir-196-P1 Cfa-Mir-196-P1 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P1 Cli-Mir-196-P1 Cmi-Mir-196-P1 Cpi-Mir-196-P1 Cpo-Mir-196-P1 Dno-Mir-196-P1 Dre-Mir-196-P1a Dre-Mir-196-P1b Eca-Mir-196-P1 Ete-Mir-196-P1 Gga-Mir-196-P1 Gmo-Mir-196-P1a Gmo-Mir-196-P1b Hsa-Mir-196-P1 Laf-Mir-196-P1 Lch-Mir-196-P1 Loc-Mir-196-P1 Mal-Mir-196-P1a Mal-Mir-196-P1b Mdo-Mir-196-P1 Mml-Mir-196-P1 Mmr-Mir-196-P1 Mmu-Mir-196-P1 Mun-Mir-196-P1 Neu-Mir-196-P1 Oan-Mir-196-P1 Ocu-Mir-196-P1 Pab-Mir-196-P1 Pbv-Mir-196-P1 Pma-Mir-196-o1 Rno-Mir-196-P1c Rno-Mir-196-P1d Sha-Mir-196-P1 Spt-Mir-196-P1 Sto-Mir-196-P1 Tgu-Mir-196-P1 Tni-Mir-196-P1a Tni-Mir-196-P1b Xla-Mir-196-P1e Xla-Mir-196-P1f Xtr-Mir-196-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015170898.1: 1224278-1224340 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAUAGGCGGCUGAGAACUGGUCGGUGAUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGGCUGGAGCUCUCUCUCUCUCUACAGCACGAAACUGCCCGAAUUACUUCAGUUUGUACUCAUCAAGCGGGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAAUAGGCGGCUGAGAA----| UC UA A U- GCUGGAG CUGG GGUGAUU GGUAGUUUC UGUUGU GGG C GACU UCAUUAA CCGUCAAAG ACGACA UCU U CUGGGCGAACUACUCAUGUUU^ -- GC C UC CUCUCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gja-Mir-196-P1_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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Star sequence | Gja-Mir-196-P1_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CUACAGCACGAAACUGCCCGAA -63
Get sequence
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