MirGeneDB ID | Aca-Mir-196-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Green anole lizard (Anolis carolinensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | aca-mir-196a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Aca-Mir-196-P3 Aca-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Ami-Mir-196-P1 Bta-Mir-196-P1 Cfa-Mir-196-P1 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P1 Cli-Mir-196-P1 Cmi-Mir-196-P1 Cpi-Mir-196-P1 Cpo-Mir-196-P1 Dno-Mir-196-P1 Dre-Mir-196-P1a Dre-Mir-196-P1b Eca-Mir-196-P1 Ete-Mir-196-P1 Gga-Mir-196-P1 Gja-Mir-196-P1 Gmo-Mir-196-P1a Gmo-Mir-196-P1b Hsa-Mir-196-P1 Laf-Mir-196-P1 Lch-Mir-196-P1 Loc-Mir-196-P1 Mal-Mir-196-P1a Mal-Mir-196-P1b Mdo-Mir-196-P1 Mml-Mir-196-P1 Mmr-Mir-196-P1 Mmu-Mir-196-P1 Mun-Mir-196-P1 Neu-Mir-196-P1 Oan-Mir-196-P1 Ocu-Mir-196-P1 Pab-Mir-196-P1 Pbv-Mir-196-P1 Pma-Mir-196-o1 Rno-Mir-196-P1c Rno-Mir-196-P1d Sha-Mir-196-P1 Spt-Mir-196-P1 Sto-Mir-196-P1 Tgu-Mir-196-P1 Tni-Mir-196-P1a Tni-Mir-196-P1b Xla-Mir-196-P1e Xla-Mir-196-P1f Xtr-Mir-196-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (anoCar2) |
GL343275.1: 1429558-1429620 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAUGAGGAGUCUAAGAACUGGUCGGUGAUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGGCUAUGGCUCUCUCUUUCUCGACAGCACGAAACUGCCUUCAUUACUUCAGUUUCUAAUCAUCACCCGGGUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 AAUGAGGAGUCUAAGAA----| UC UU A GCUAUGGC CUGG GGUGAU AGGUAGUUUC UGUUGUUGGG \ GACU UCAUUA UCCGUCAAAG ACGACAGCUC U CUGGGCCCACUACUAAUCUUU^ -- CU C UUUCUCUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Aca-Mir-196-P1_5p |
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mirBase accession | MIMAT0021831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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Star sequence | Aca-Mir-196-P1_3p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
41- CGACAGCACGAAACUGCCUUCA -63
Get sequence
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