| MirGeneDB ID | Gga-Mir-196-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | gga-mir-196-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Gga-Mir-196-P3 Gga-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-196-P1 Ami-Mir-196-P1 Bta-Mir-196-P1 Cfa-Mir-196-P1 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P1 Cli-Mir-196-P1 Cmi-Mir-196-P1 Cpi-Mir-196-P1 Cpo-Mir-196-P1 Dno-Mir-196-P1 Dre-Mir-196-P1a Dre-Mir-196-P1b Eca-Mir-196-P1 Ete-Mir-196-P1 Gja-Mir-196-P1 Gmo-Mir-196-P1a Gmo-Mir-196-P1b Hsa-Mir-196-P1 Laf-Mir-196-P1 Lch-Mir-196-P1 Loc-Mir-196-P1 Mal-Mir-196-P1a Mal-Mir-196-P1b Mdo-Mir-196-P1 Mml-Mir-196-P1 Mmr-Mir-196-P1 Mmu-Mir-196-P1 Mun-Mir-196-P1 Neu-Mir-196-P1 Oan-Mir-196-P1 Ocu-Mir-196-P1 Pab-Mir-196-P1 Pbv-Mir-196-P1 Pma-Mir-196-o1 Rno-Mir-196-P1c Rno-Mir-196-P1d Sha-Mir-196-P1 Spt-Mir-196-P1 Sto-Mir-196-P1 Tgu-Mir-196-P1 Tni-Mir-196-P1a Tni-Mir-196-P1b Xla-Mir-196-P1e Xla-Mir-196-P1f Xtr-Mir-196-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
2: 32649895-32649953 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUAUUAGCGCCUGAGAACUGCUCUGUGGUUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGGCUCCACCUUUCUCUCUACAGCACGAAACUGCCUUAAUUACUUCAGUUGAUAUCAUCACCAGGUAUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 UUAUUAGCGCCUGAGAA----| CUCU U A U- GCUCC CUG GUGGUU AGGUAGUUUC UGUUGU GGG A GAC CAUUAA UCCGUCAAAG ACGACA UCU C GUAUGGACCACUACUAUAGUU^ UU-- U C UC CUUUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Gga-Mir-196-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0001121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-196-5p miRDB: MIMAT0001121 |
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| Star sequence | Gga-Mir-196-P1_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0026504 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
37- CUACAGCACGAAACUGCCUUAA -59
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-196-2-3p miRDB: MIMAT0026504 |
