MirGeneDB ID | Gga-Mir-196-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-196-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Gga-Mir-196-P1 Gga-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-196-P3 Ami-Mir-196-P3 Bta-Mir-196-P3 Cfa-Mir-196-P3 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P3 Cli-Mir-196-P3 Cmi-Mir-196-P3 Cpi-Mir-196-P3 Cpo-Mir-196-P3 Dno-Mir-196-P3 Dre-Mir-196-P3a Eca-Mir-196-P3 Gja-Mir-196-P3 Hsa-Mir-196-P3 Laf-Mir-196-P3 Lch-Mir-196-P3 Loc-Mir-196-P3 Mal-Mir-196-P3a Mdo-Mir-196-P3 Mml-Mir-196-P3 Mmr-Mir-196-P3 Mmu-Mir-196-P3 Neu-Mir-196-P3 Ocu-Mir-196-P3 Pab-Mir-196-P3 Pbv-Mir-196-P3 Pma-Mir-196-o3 Rno-Mir-196-P3 Sha-Mir-196-P3 Spt-Mir-196-P3 Sto-Mir-196-P3 Tni-Mir-196-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
27: 6183444-6183503 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAAGAAUGAACUAGAACUGCUCUGUGAAUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGCUUUAAAUUUUAAACACAAGAACAUCAAACUACCUGAUUUACUCCAGUUAUCCCCCUCGGUGUGCAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAAGAAUGAACUAGAA----| CUCU C G GGCUUUAA CUG GUGAAUUAGGUAGUUU AUGUU UUG A GAC CAUUUAGUCCAUCAAA UACAA AAC U CGACGUGUGGCUCCCCCUAUU^ CU-- C G ACAAAUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gga-Mir-196-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0001121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-196-5p miRDB: MIMAT0001121 |
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Star sequence | Gga-Mir-196-P3_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0031017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAAGAACAUCAAACUACCUGAU -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-196-1-3p miRDB: MIMAT0031017 |