MirGeneDB ID | Ami-Mir-196-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ami-mir-196-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Ami-Mir-196-P1 Ami-Mir-196-P4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-196-P3 Bta-Mir-196-P3 Cfa-Mir-196-P3 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P3 Cli-Mir-196-P3 Cmi-Mir-196-P3 Cpi-Mir-196-P3 Cpo-Mir-196-P3 Dno-Mir-196-P3 Dre-Mir-196-P3a Eca-Mir-196-P3 Gga-Mir-196-P3 Gja-Mir-196-P3 Hsa-Mir-196-P3 Laf-Mir-196-P3 Lch-Mir-196-P3 Loc-Mir-196-P3 Mal-Mir-196-P3a Mdo-Mir-196-P3 Mml-Mir-196-P3 Mmr-Mir-196-P3 Mmu-Mir-196-P3 Neu-Mir-196-P3 Ocu-Mir-196-P3 Pab-Mir-196-P3 Pbv-Mir-196-P3 Pma-Mir-196-o3 Rno-Mir-196-P3 Sha-Mir-196-P3 Spt-Mir-196-P3 Sto-Mir-196-P3 Tni-Mir-196-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017708231.1: 3471039-3471098 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAAGAAUGAACUAGAACUGCUUUGUGAAUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGCUUUUAUUUUUAAACACAAGAACAUAAAACUACCUGAUUUACUCCAGUUAUUCUCCUCGAAAUUGUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAAGAAUGAACUAGAA----| CUUU C G GGCUUUUA CUG GUGAAUUAGGUAGUUU AUGUU UUG U GAC CAUUUAGUCCAUCAAA UACAA AAC U UUUGUUAAAGCUCCUCUUAUU^ CU-- A G ACAAAUUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Ami-Mir-196-P3_5p |
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mirBase accession | MIMAT0038215 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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Star sequence | Ami-Mir-196-P3_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- CAAGAACAUAAAACUACCUGAU -60
Get sequence
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