MirGeneDB ID | Dre-Mir-196-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Zebrafish (Danio rerio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | dre-mir-196b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Dre-Mir-196-P1a Dre-Mir-196-P1b Dre-Mir-196-P4a Dre-Mir-196-P4b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-196-P3 Ami-Mir-196-P3 Bta-Mir-196-P3 Cfa-Mir-196-P3 Cin-Mir-196 Cja-Mir-196-P3 Cli-Mir-196-P3 Cmi-Mir-196-P3 Cpi-Mir-196-P3 Cpo-Mir-196-P3 Dno-Mir-196-P3 Eca-Mir-196-P3 Gga-Mir-196-P3 Gja-Mir-196-P3 Hsa-Mir-196-P3 Laf-Mir-196-P3 Lch-Mir-196-P3 Loc-Mir-196-P3 Mal-Mir-196-P3a Mdo-Mir-196-P3 Mml-Mir-196-P3 Mmr-Mir-196-P3 Mmu-Mir-196-P3 Neu-Mir-196-P3 Ocu-Mir-196-P3 Pab-Mir-196-P3 Pbv-Mir-196-P3 Pma-Mir-196-o3 Rno-Mir-196-P3 Sha-Mir-196-P3 Spt-Mir-196-P3 Sto-Mir-196-P3 Tni-Mir-196-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Clupeocephala | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (danRer11) |
chr3: 23673387-23673447 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-196-P3a) |
Mir-196-P3a
chr3: 23673387-23673447 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-10-P1c1-v1 chr3: 23720666-23720728 [+] UCSC Ensembl Mir-10-P1c1-v2 chr3: 23720667-23720727 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACACGGAGAAAACCAAGCUGGUCUGUGAUUUAGGUAGUUUCAAGUUGUUGGGCUGGACGUUUAAUUUCACAGGAACCUGAAACUGCCUGAAUUGCUCCAGUUAAACGCAACAUUGUCCGUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 ACACGGAGAAAACCAAG----| UCU UG A G - CUGGAC CUGG G AUUUAGGUAGUUUCA GUU UUG GG G GACC C UAAGUCCGUCAAAGU CAA GAC CU U UUGCCUGUUACAACGCAAAUU^ U-- GU C G A UUAAUU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | There is a second Dicer cut -1 on both arms. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Dre-Mir-196-P3a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0001860 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAAGUUGUUGGGC -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanFish: dre-miR-196b |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Dre-Mir-196-P3a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- ACAGGAACCUGAAACUGCCUGAA -61
Get sequence
|