| MirGeneDB ID | Sto-Mir-196-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-196 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGGUAGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Cloudy Catshark (Scyliorhinus torazame) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Sto-Mir-196-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-196-P3 Ami-Mir-196-P3 Bta-Mir-196-P3 Cfa-Mir-196-P3 Cin-Mir-196 Cli-Mir-196-P3 Cmi-Mir-196-P3 Cpi-Mir-196-P3 Cpo-Mir-196-P3 Dno-Mir-196-P3 Dre-Mir-196-P3a Gga-Mir-196-P3 Gja-Mir-196-P3 Hsa-Mir-196-P3 Lch-Mir-196-P3 Loc-Mir-196-P3 Mal-Mir-196-P3a Mdo-Mir-196-P3 Mml-Mir-196-P3 Mmu-Mir-196-P3 Ocu-Mir-196-P3 Pbv-Mir-196-P3 Pma-Mir-196-o3 Rno-Mir-196-P3 Sha-Mir-196-P3 Spt-Mir-196-P3 Tni-Mir-196-P3a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Olfactores | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_003427355_STO_add) |
BFAA01000145.1: 370520-370577 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCGCAAGUGAAAUGGAACUGUUGUGUGACUUAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGGCUUCUGUUUGAUCGCAGUGACAGGAAACUGCCUGAAUUACUCCAGUUAUGGUCAUCGCAAACUUAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 GCGCAAGUGAAAUGGAA----| UUGU C A UG - CUUCU CUG GUGA UUAGGUAGUUUC UGU UUG GG \ GAC CAUU AGUCCGUCAAAG ACA GAC CU G UAUUCAAACGCUACUGGUAUU^ CU-- A G GU G AGUUU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Sto-Mir-196-P3_5p |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UAGGUAGUUUCAUGUUGUUGGG -22
Get sequence
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| Star sequence | Sto-Mir-196-P3_3p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
36- CAGUGACAGGAAACUGCCUGAA -58
Get sequence
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