| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-181b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-181-P1a Mdo-Mir-181-P1b Mdo-Mir-181-P1c Mdo-Mir-181-P2b Mdo-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2a Ami-Mir-181-P2a Bta-Mir-181-P2a Cfa-Mir-181-P2a Cja-Mir-181-P2a Cli-Mir-181-P2a Cmi-Mir-181-P2a Cpi-Mir-181-P2a Cpo-Mir-181-P2a Dno-Mir-181-P2a Dre-Mir-181-P2a1 Dre-Mir-181-P2a2 Eca-Mir-181-P2a Ete-Mir-181-P2a Gga-Mir-181-P2a Gja-Mir-181-P2a Gmo-Mir-181-P2a1 Hsa-Mir-181-P2a Laf-Mir-181-P2a Lch-Mir-181-P2a Loc-Mir-181-P2a Mal-Mir-181-P2a1 Mml-Mir-181-P2a Mmr-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2a Mun-Mir-181-P2a Neu-Mir-181-P2a Oan-Mir-181-P2a Ocu-Mir-181-P2a Pab-Mir-181-P2a Pbv-Mir-181-P2a Rno-Mir-181-P2a Sha-Mir-181-P2a Spt-Mir-181-P2a Sto-Mir-181-P2a Tgu-Mir-181-P2a Tni-Mir-181-P2a1 Xla-Mir-181-P2a3 Xla-Mir-181-P2a4 Xtr-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
2: 99872881-99872941 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2a) |
Mir-181-P2a
2: 99872881-99872941 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1a 2: 99873079-99873140 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGCUUUAUUUUUUAAAAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUUAACUGUAUGGACAAGCUCACUGAACAAUGAAUGCAACUGUGGCCCCACUUUAUUGCAGUCACAGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCAGCUUUAUUUUUUAAAAA--| AUCAA CUG AACUG GGUCACA CAUUCAUUG UCGGUGGGUUU U CCGGUGU GUAAGUAAC AGUCACUCGAA A CGGACACUGACGUUAUUUCACC^ CAAC- A-- CAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Comment | There is a second Dicer cut -1 on the 3p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Mdo-Mir-181-P2a_5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0004155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUU -25
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-181b-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Mdo-Mir-181-P2a_3p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | MIMAT0026699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- GCUCACUGAACAAUGAAUGCAA -61
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-181b-1-3p |
