MirGeneDB ID | Cpo-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-181b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cpo-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1b Cpo-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-181-P2a Ami-Mir-181-P2a Bta-Mir-181-P2a Cfa-Mir-181-P2a Cli-Mir-181-P2a Cmi-Mir-181-P2a Cpi-Mir-181-P2a Dno-Mir-181-P2a Dre-Mir-181-P2a1 Dre-Mir-181-P2a2 Ete-Mir-181-P2a Gga-Mir-181-P2a Gja-Mir-181-P2a Gmo-Mir-181-P2a1 Hsa-Mir-181-P2a Lch-Mir-181-P2a Loc-Mir-181-P2a Mal-Mir-181-P2a1 Mdo-Mir-181-P2a Mml-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2a Mun-Mir-181-P2a Oan-Mir-181-P2a Ocu-Mir-181-P2a Pbv-Mir-181-P2a Rno-Mir-181-P2a Sha-Mir-181-P2a Spt-Mir-181-P2a Sto-Mir-181-P2a Tgu-Mir-181-P2a Tni-Mir-181-P2a1 Xla-Mir-181-P2a3 Xla-Mir-181-P2a4 Xtr-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_12: 23445282-23445342 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2a) |
Mir-181-P1a
scaffold_12: 23445099-23445160 [+]
UCSC
Mir-181-P2a scaffold_12: 23445282-23445342 [+] UCSC |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGAUGUUGCAAUUAAAAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUGAAUUGUGUGGACAAGCUCACUGGACAAUGAAUGCAACUGUGGCCCCCACUUUUUGCUAUCACAAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGAUGUUGCAAUUAAAAA--| AUCAA CUG GAAUUG GGUCACA CAUUCAUUG UCGGUGGGUU U CCGGUGU GUAAGUAAC GGUCACUCGA G CUAACACUAUCGUUUUUCACCC^ CAAC- A-- ACAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-181-P2a_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-181-P2a_3p* |
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mirBase accession | MIMAT0047044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
40- CUCACUGGACAAUGAAUGCAA -61
Get sequence
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