| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-181b-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1b Cpo-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P2a Ami-Mir-181-P2a Bta-Mir-181-P2a Cfa-Mir-181-P2a Cja-Mir-181-P2a Cli-Mir-181-P2a Cmi-Mir-181-P2a Cpi-Mir-181-P2a Dno-Mir-181-P2a Dre-Mir-181-P2a1 Dre-Mir-181-P2a2 Eca-Mir-181-P2a Ete-Mir-181-P2a Gga-Mir-181-P2a Gja-Mir-181-P2a Gmo-Mir-181-P2a1 Hsa-Mir-181-P2a Laf-Mir-181-P2a Lch-Mir-181-P2a Loc-Mir-181-P2a Mal-Mir-181-P2a1 Mdo-Mir-181-P2a Mml-Mir-181-P2a Mmr-Mir-181-P2a Mmu-Mir-181-P2a Mun-Mir-181-P2a Neu-Mir-181-P2a Oan-Mir-181-P2a Ocu-Mir-181-P2a Pab-Mir-181-P2a Pbv-Mir-181-P2a Rno-Mir-181-P2a Sha-Mir-181-P2a Spt-Mir-181-P2a Sto-Mir-181-P2a Tgu-Mir-181-P2a Tni-Mir-181-P2a1 Xla-Mir-181-P2a3 Xla-Mir-181-P2a4 Xtr-Mir-181-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_12: 23445282-23445342 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P2a) |
Mir-181-P1a
scaffold_12: 23445099-23445160 [+]
UCSC
Mir-181-P2a scaffold_12: 23445282-23445342 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGAUGUUGCAAUUAAAAAGGUCACAAUCAACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUUGAAUUGUGUGGACAAGCUCACUGGACAAUGAAUGCAACUGUGGCCCCCACUUUUUGCUAUCACAAUCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCAGAUGUUGCAAUUAAAAA--| AUCAA CUG GAAUUG GGUCACA CAUUCAUUG UCGGUGGGUU U CCGGUGU GUAAGUAAC GGUCACUCGA G CUAACACUAUCGUUUUUCACCC^ CAAC- A-- ACAGGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | Yes | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-181-P2a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047043 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAUUGCUGUCGGUGGGUU -24
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-181-P2a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047044 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- CUCACUGGACAAUGAAUGCAA -61
Get sequence
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