| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-181a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P2a Cpo-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1b Ami-Mir-181-P1b Bta-Mir-181-P1b Cfa-Mir-181-P1b Cja-Mir-181-P1b Cli-Mir-181-P1b Cmi-Mir-181-P1b Cpi-Mir-181-P1b Dno-Mir-181-P1b Dre-Mir-181-P1b2 Eca-Mir-181-P1b Ete-Mir-181-P1b Gga-Mir-181-P1b Gja-Mir-181-P1b Gmo-Mir-181-P1b2 Hsa-Mir-181-P1b Laf-Mir-181-P1b Lch-Mir-181-P1b Loc-Mir-181-P1b Mal-Mir-181-P1b2 Mdo-Mir-181-P1b Mml-Mir-181-P1b Mmr-Mir-181-P1b Mmu-Mir-181-P1b Mun-Mir-181-P1b Neu-Mir-181-P1b Oan-Mir-181-P1b Ocu-Mir-181-P1b Pab-Mir-181-P1b Pbv-Mir-181-P1b Rno-Mir-181-P1b Sha-Mir-181-P1b Spt-Mir-181-P1b Sto-Mir-181-P1b Tgu-Mir-181-P1b Tni-Mir-181-P1b1 Xla-Mir-181-P1b3 Xla-Mir-181-P1b4 Xtr-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_27: 9387694-9387753 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1b) |
Mir-181-P2b
scaffold_27: 9386137-9386196 [-]
UCSC
Mir-181-P1b scaffold_27: 9387694-9387753 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUCAAACCAGCCUUAAGAGGACUCCAAGGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGGAUUUAAAAAAACCACUGACCGUUGACUGUACCUUGGGAUCCUUACGAACAUCACUACAUUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUCAAACCAGCCUUAA--| CU A U CU A UUGGGAU GAGGA CCAAGG ACA UCAACG GUCGGUG GU \ UUCCU GGUUCC UGU AGUUGC CAGUCAC CA U UUUUACAUCACUACAAGCA^ AG A C -- - AAAAAAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-181-P1b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-181-P1b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047042 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACCACUGACCGUUGACUGUACC -60
Get sequence
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