| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-181a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-181-P1a Ocu-Mir-181-P1c Ocu-Mir-181-P2a Ocu-Mir-181-P2b Ocu-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1b Ami-Mir-181-P1b Bta-Mir-181-P1b Cfa-Mir-181-P1b Cja-Mir-181-P1b Cli-Mir-181-P1b Cmi-Mir-181-P1b Cpi-Mir-181-P1b Cpo-Mir-181-P1b Dno-Mir-181-P1b Dre-Mir-181-P1b2 Eca-Mir-181-P1b Ete-Mir-181-P1b Gga-Mir-181-P1b Gja-Mir-181-P1b Gmo-Mir-181-P1b2 Hsa-Mir-181-P1b Laf-Mir-181-P1b Lch-Mir-181-P1b Loc-Mir-181-P1b Mal-Mir-181-P1b2 Mdo-Mir-181-P1b Mml-Mir-181-P1b Mmr-Mir-181-P1b Mmu-Mir-181-P1b Mun-Mir-181-P1b Neu-Mir-181-P1b Oan-Mir-181-P1b Pab-Mir-181-P1b Pbv-Mir-181-P1b Rno-Mir-181-P1b Sha-Mir-181-P1b Spt-Mir-181-P1b Sto-Mir-181-P1b Tgu-Mir-181-P1b Tni-Mir-181-P1b1 Xla-Mir-181-P1b3 Xla-Mir-181-P1b4 Xtr-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0001: 2614666-2614725 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1b) |
Mir-181-P2b
chrUn0001: 2613453-2613512 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1b chrUn0001: 2614666-2614725 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCCAGGCCGGCUGUUAGAGGACUCCAAUGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGGAUUUGAAAAAACCACCGACCGUUGACUGUACCUUAGGGUCCUUACAGACAACACUACUUUACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCCAGGCCGGCUGUUA--| CAAUGA U CU A UUGGGAU GAGGACUC ACA UCAACG GUCGGUG GU \ UUCCUGGG UGU AGUUGC CAGCCAC CA U CAUUUCAUCACAACAGACA^ AUUCCA C -- - AAAAAGU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-181-P1b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-181-P1b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048277 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACCACCGACCGUUGACUGUACC -60
Get sequence
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