| MirGeneDB ID | Ocu-Mir-181-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Rabbit (Oryctolagus cuniculus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ocu-mir-181c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ocu-Mir-181-P1a Ocu-Mir-181-P1b Ocu-Mir-181-P2a Ocu-Mir-181-P2b Ocu-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1c Ami-Mir-181-P1c Bta-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P1c Cmi-Mir-181-P1c Cpi-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P1c Dno-Mir-181-P1c Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Ete-Mir-181-P1c Gja-Mir-181-P1c Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Hsa-Mir-181-P1c Lch-Mir-181-P1c Loc-Mir-181-P1c Mal-Mir-181-P1c1 Mal-Mir-181-P1c2 Mdo-Mir-181-P1c Mml-Mir-181-P1c Mmu-Mir-181-P1c Mun-Mir-181-P1c Oan-Mir-181-P1c Pbv-Mir-181-P1c Rno-Mir-181-P1c Sha-Mir-181-P1c Spt-Mir-181-P1c Sto-Mir-181-P1c Tni-Mir-181-P1c1 Tni-Mir-181-P1c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (oryCun2_add) |
chrUn0990: 4071-4131 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1c) |
Mir-181-P2c
chrUn0990: 3930-3992 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c chrUn0990: 4071-4131 [-] UCSC Ensembl Mir-24-P3 chrUn0990: 23718-23778 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCCCUAAGAUUUUUGCCAAGGGUUUGGGGGAACAUUCAACCUGUCGGUGAGUUUGGAAGGCUCAGGCAAACCAUCGACCGUUGAGUGGACCCUGAGGCCUGGAACCAGCAUCUUCUGGAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 UCCCUAAGAUUUUUGCCAA--| G AA CU A UGGAAGG GGGUUU GGGG CAUUCAAC GUCGGUG GUU \ UCCGGA UCCC GUGAGUUG CAGCUAC CAA C AAAGGUCUUCUACGACCAAGG^ G AG C- - ACGGACU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ocu-Mir-181-P1c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0048281 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACCUGUCGGUGAGUU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ocu-Mir-181-P1c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0048282 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACCAUCGACCGUUGAGUGGACC -61
Get sequence
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