| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-181-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-181a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-181-P1a Mdo-Mir-181-P1b Mdo-Mir-181-P2a Mdo-Mir-181-P2b Mdo-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1c Ami-Mir-181-P1c Bta-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P1c Cmi-Mir-181-P1c Cpi-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P1c Dno-Mir-181-P1c Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Ete-Mir-181-P1c Gja-Mir-181-P1c Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Hsa-Mir-181-P1c Lch-Mir-181-P1c Loc-Mir-181-P1c Mal-Mir-181-P1c1 Mal-Mir-181-P1c2 Mml-Mir-181-P1c Mmu-Mir-181-P1c Mun-Mir-181-P1c Oan-Mir-181-P1c Ocu-Mir-181-P1c Pbv-Mir-181-P1c Rno-Mir-181-P1c Sha-Mir-181-P1c Spt-Mir-181-P1c Sto-Mir-181-P1c Tni-Mir-181-P1c1 Tni-Mir-181-P1c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
3: 446461505-446461567 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1c) |
Mir-181-P2c
3: 446461129-446461192 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1c 3: 446461505-446461567 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCGCCUGUGACAUGCCAAAGGUUUGGGGGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGAGCAGCUGAAGGCAAACCAUCGACCGUUGAGUGGACCCCGCAGCCUUAAACGACCAGCUGAUGCCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCCGCCUGUGACAUGCCA-- -| GAA CU A UUGAGCAG AAGGUU UGGGG CAUUCAACG GUCGGUG GU C UUCCGA GCCCC GUGAGUUGC CAGCUAC CA U GUCCGUAGUCGACCAGCAAA C^ AG- -- - AACGGAAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-181-P1c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0004154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-181a-5p |
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| Star sequence | Mdo-Mir-181-P1c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031039 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACCAUCGACCGUUGAGUGGACC -63
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-181a-3-3p |
