| MirGeneDB ID | Ami-Mir-181-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | American alligator (Alligator mississippiensis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | ami-mir-181a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Ami-Mir-181-P1a Ami-Mir-181-P1b Ami-Mir-181-P2a Ami-Mir-181-P2b Ami-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1c Bta-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P1c Cja-Mir-181-P1c Cmi-Mir-181-P1c Cpi-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P1c Dno-Mir-181-P1c Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Eca-Mir-181-P1c Ete-Mir-181-P1c Gja-Mir-181-P1c Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Hsa-Mir-181-P1c Laf-Mir-181-P1c Lch-Mir-181-P1c Loc-Mir-181-P1c Mal-Mir-181-P1c1 Mal-Mir-181-P1c2 Mdo-Mir-181-P1c Mml-Mir-181-P1c Mmr-Mir-181-P1c Mmu-Mir-181-P1c Mun-Mir-181-P1c Neu-Mir-181-P1c Oan-Mir-181-P1c Ocu-Mir-181-P1c Pab-Mir-181-P1c Pbv-Mir-181-P1c Rno-Mir-181-P1c Sha-Mir-181-P1c Spt-Mir-181-P1c Sto-Mir-181-P1c Tni-Mir-181-P1c1 Tni-Mir-181-P1c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_000281125.3_ASM28112v4_AMI_add) |
NW_017713323.1: 106446-106507 [-] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1c) |
Mir-181-P2c
NW_017713323.1: 105423-105485 [-]
UCSC
Mir-181-P1c NW_017713323.1: 106446-106507 [-] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GAACUAGCAAGAGAUACAAAGGUUUCAGCGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUUGGCAGUCAGGUUAAACCAUCGACCGUUGAGUGUACCCUGCAACCUUGGUAACACCUGAACUGAAGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GAACUAGCAAGAGAUACA--| U CGA CU A UUUGGCAG AAGGUU CAG ACAUUCAACG GUCGGUG GU \ UUCCAA GUC UGUGAGUUGC CAGCUAC CA U GGAAGUCAAGUCCACAAUGG^ C CCA -- - AAUUGGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Ami-Mir-181-P1c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0038186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Ami-Mir-181-P1c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0038189 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCAUCGACCGUUGAGUGUACC -62
Get sequence
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