| MirGeneDB ID | Oan-Mir-181-P1c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Platypus (Ornithorhynchus anatinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | oan-mir-181a-3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Oan-Mir-181-P1a Oan-Mir-181-P1b Oan-Mir-181-P2a Oan-Mir-181-P2b Oan-Mir-181-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1c Ami-Mir-181-P1c Bta-Mir-181-P1c Cfa-Mir-181-P1c Cja-Mir-181-P1c Cmi-Mir-181-P1c Cpi-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P1c Dno-Mir-181-P1c Dre-Mir-181-P1c1 Dre-Mir-181-P1c2 Eca-Mir-181-P1c Ete-Mir-181-P1c Gja-Mir-181-P1c Gmo-Mir-181-P1c1 Gmo-Mir-181-P1c2 Hsa-Mir-181-P1c Laf-Mir-181-P1c Lch-Mir-181-P1c Loc-Mir-181-P1c Mal-Mir-181-P1c1 Mal-Mir-181-P1c2 Mdo-Mir-181-P1c Mml-Mir-181-P1c Mmr-Mir-181-P1c Mmu-Mir-181-P1c Mun-Mir-181-P1c Neu-Mir-181-P1c Ocu-Mir-181-P1c Pab-Mir-181-P1c Pbv-Mir-181-P1c Rno-Mir-181-P1c Sha-Mir-181-P1c Spt-Mir-181-P1c Sto-Mir-181-P1c Tni-Mir-181-P1c1 Tni-Mir-181-P1c2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (mOrnAna1.p.v1_plustraces) |
NC_041749.1: 108838650-108838712 [+] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1c) |
Mir-181-P1c
NC_041749.1: 108838650-108838712 [+]
Mir-181-P2c NC_041749.1: 108839013-108839074 [+] |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCUGGUGCAGAGAACCUAAAGGUUUGGGGGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGGCAGUAGAGGUUAAACCACCGACCGUUGAGUGUACCCCUCAGCCUAGACCUGCCGCCUGCCGGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCUGGUGCAGAGAACCUAA--| U A CU A UUGGGCAG AGGUU GGGGG ACAUUCAACG GUCGGUG GU U UCCGA UCCCC UGUGAGUUGC CAGCCAC CA A CCGGGCCGUCCGCCGUCCAGA^ C A -- - AAUUGGAG 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Oan-Mir-181-P1c_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0006833 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Oan-Mir-181-P1c_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0031027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
41- ACCACCGACCGUUGAGUGUACC -63
Get sequence
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