| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-181-P1b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-181a-2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-181-P1a Xtr-Mir-181-P2a Xtr-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1b Ami-Mir-181-P1b Bta-Mir-181-P1b Cfa-Mir-181-P1b Cli-Mir-181-P1b Cmi-Mir-181-P1b Cpi-Mir-181-P1b Cpo-Mir-181-P1b Dno-Mir-181-P1b Dre-Mir-181-P1b2 Ete-Mir-181-P1b Gga-Mir-181-P1b Gja-Mir-181-P1b Gmo-Mir-181-P1b2 Hsa-Mir-181-P1b Lch-Mir-181-P1b Loc-Mir-181-P1b Mal-Mir-181-P1b2 Mdo-Mir-181-P1b Mml-Mir-181-P1b Mmu-Mir-181-P1b Mun-Mir-181-P1b Oan-Mir-181-P1b Ocu-Mir-181-P1b Pbv-Mir-181-P1b Rno-Mir-181-P1b Sha-Mir-181-P1b Spt-Mir-181-P1b Sto-Mir-181-P1b Tgu-Mir-181-P1b Tni-Mir-181-P1b1 Xla-Mir-181-P1b3 Xla-Mir-181-P1b4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chrUn_NW_016683376v1: 1377170-1377236 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1b) |
Mir-181-P1b
chrUn_NW_016683376v1: 1377170-1377236 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P2b chrUn_NW_016683376v1: 1381335-1381394 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | ACUGGAGCCCCCAACUUGAGGGCUUCAGAGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGAGAAAGUGUAAAAAUAUAAACCAUCGGCCGUUGACUGUACCCUGAGGCUUUUCACAAAAAUCCAAAUCUCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 ACUGGAGCCCCCAACUU--| AGA U CU A UUGAGAAAGU GAGGGCUUCAG ACA UCAACG GUCGGUG GU G UUUUCGGAGUC UGU AGUUGC CGGCUAC CA U ACUCUAAACCUAAAAACAC^ CCA C -- - AAUAUAAAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-181-P1b_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003625 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-181a-5p |
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| Star sequence | Xtr-Mir-181-P1b_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0005461 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
45- ACCAUCGGCCGUUGACUGUACC -67
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-181a-2-3p |
