| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-181a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-181-P1b Xtr-Mir-181-P2a Xtr-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1a Ami-Mir-181-P1a Bta-Mir-181-P1a Cfa-Mir-181-P1a Cja-Mir-181-P1a Cli-Mir-181-P1a Cmi-Mir-181-P1a Cpi-Mir-181-P1a Cpo-Mir-181-P1a Dno-Mir-181-P1a Dre-Mir-181-P1a1 Dre-Mir-181-P1a2 Eca-Mir-181-P1a Ete-Mir-181-P1a Gga-Mir-181-P1a Gja-Mir-181-P1a Gmo-Mir-181-P1a1 Hsa-Mir-181-P1a Laf-Mir-181-P1a Lch-Mir-181-P1a Loc-Mir-181-P1a Mal-Mir-181-P1a1 Mdo-Mir-181-P1a Mml-Mir-181-P1a Mmr-Mir-181-P1a Mmu-Mir-181-P1a Mun-Mir-181-P1a Neu-Mir-181-P1a Oan-Mir-181-P1a Ocu-Mir-181-P1a Pab-Mir-181-P1a Rno-Mir-181-P1a Sha-Mir-181-P1a Spt-Mir-181-P1a Sto-Mir-181-P1a Tgu-Mir-181-P1a Tni-Mir-181-P1a1 Xla-Mir-181-P1a3 Xla-Mir-181-P1a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr4: 101423858-101423919 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1a) |
Mir-181-P2a
chr4: 101423401-101423461 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-181-P1a chr4: 101423858-101423919 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAACUUUGUUUGACAUGGCUACUUUAGUGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGUAUCUAAAGGCAAACCAUCGAUCGUUGACUGUACAUUACGGCAAUGCCAGUAACUUCUGUCUCCAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AUAACUUUGUUUGACAUG-----| ACUU A U CU A UUGGUAUC GCU UAGUG ACA UCAACG GUCGGUG GU \ CGG AUUAC UGU AGUUGC UAGCUAC CA U ACCUCUGUCUUCAAUGACCGUAA^ C--- A C -- - AACGGAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-181-P1a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003625 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-181a-5p |
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| Star sequence | Xtr-Mir-181-P1a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003626 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCAUCGAUCGUUGACUGUACA -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-181a-1-3p |
