| MirGeneDB ID | Cpo-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-181 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | ACAUUCA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpo-mir-181a-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpo-Mir-181-P1b Cpo-Mir-181-P1c Cpo-Mir-181-P2a Cpo-Mir-181-P2b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-181-P1a Ami-Mir-181-P1a Bta-Mir-181-P1a Cfa-Mir-181-P1a Cja-Mir-181-P1a Cli-Mir-181-P1a Cmi-Mir-181-P1a Cpi-Mir-181-P1a Dno-Mir-181-P1a Dre-Mir-181-P1a1 Dre-Mir-181-P1a2 Eca-Mir-181-P1a Ete-Mir-181-P1a Gga-Mir-181-P1a Gja-Mir-181-P1a Gmo-Mir-181-P1a1 Hsa-Mir-181-P1a Laf-Mir-181-P1a Lch-Mir-181-P1a Loc-Mir-181-P1a Mal-Mir-181-P1a1 Mdo-Mir-181-P1a Mml-Mir-181-P1a Mmr-Mir-181-P1a Mmu-Mir-181-P1a Mun-Mir-181-P1a Neu-Mir-181-P1a Oan-Mir-181-P1a Ocu-Mir-181-P1a Pab-Mir-181-P1a Rno-Mir-181-P1a Sha-Mir-181-P1a Spt-Mir-181-P1a Sto-Mir-181-P1a Tgu-Mir-181-P1a Tni-Mir-181-P1a1 Xla-Mir-181-P1a3 Xla-Mir-181-P1a4 Xtr-Mir-181-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (cavPor3) |
scaffold_12: 23445099-23445160 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-181-P1a) |
Mir-181-P1a
scaffold_12: 23445099-23445160 [+]
UCSC
Mir-181-P2a scaffold_12: 23445282-23445342 [+] UCSC |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCACUAUGAGCUUAGAGGUUGCUUCAGUGAACAUUCAACGCUGUCGGUGAGUUUGGAAUUAAAAUCAAAACCAUCGACCGUUGAUUGUACCCUAUGGCCAACCAUCAUCUACUCCAUGGCUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 AGCACUAUGAGCUUAGA- -| UC UGA U CU A UUGGAAUU GGUU GCU AG ACA UCAACG GUCGGUG GU \ CCAA CGG UC UGU AGUUGC CAGCUAC CA A UCGGUACCUCAUCUACUA C^ UA CCA U -- - AAACUAAA 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Cpo-Mir-181-P1a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0047040 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU -23
Get sequence
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| Star sequence | Cpo-Mir-181-P1a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0047041 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
40- ACCAUCGACCGUUGAUUGUACC -62
Get sequence
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