MirGeneDB ID | Mdo-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-208 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-208a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mdo-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-208-P2 Ami-Mir-208-P2 Bta-Mir-208-P2 Cfa-Mir-208-P2 Cja-Mir-208-P2 Cpi-Mir-208-P2 Cpo-Mir-208-P2 Dno-Mir-208-P2 Eca-Mir-208-P2 Ete-Mir-208-P2 Gja-Mir-208-P2 Hsa-Mir-208-P2 Laf-Mir-208-P2 Lch-Mir-208-P2 Mml-Mir-208-P2 Mmu-Mir-208-P2 Oan-Mir-208-P2 Ocu-Mir-208-P2 Pab-Mir-208-P2 Pbv-Mir-208-P2 Rno-Mir-208-P2 Sha-Mir-208-P2 Spt-Mir-208-P2 Xla-Mir-208-P2a Xla-Mir-208-P2b Xtr-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
1: 172794240-172794296 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-208-P2) |
Mir-208-P2
1: 172794240-172794296 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-208-P1 1: 172843322-172843378 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGGCCCUAGCCCACUUCCUGUGACAGGUGAGCUUUUGGUCCGGGUUAUACCUGAUGCAUGUGUAUAAGACGAGCAAAAAGCUCGUUGGUCGGAGGAUCCAUCAUCGGCCCAGGUAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUGGCCCUAGCCCACU--| G AG G UC GG CUGAU UCCU UGAC GUGAGCUUUU G CG UUAUAC \ AGGA GCUG UGCUCGAAAA C GC AAUAUG G AUGGACCCGGCUACUACCU^ G GU A GA AG UGUAC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mdo-Mir-208-P2_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGCUUUUGGUCCGGGUUAUAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mdo-Mir-208-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0004129 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUAAGACGAGCAAAAAGCUCGU -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-208a |