MirGeneDB ID | Bta-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-208 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Cow (Bos taurus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | bta-mir-208a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Bta-Mir-208-P1-v1 Bta-Mir-208-P1-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-208-P2 Ami-Mir-208-P2 Cfa-Mir-208-P2 Cja-Mir-208-P2 Cpi-Mir-208-P2 Cpo-Mir-208-P2 Dno-Mir-208-P2 Eca-Mir-208-P2 Ete-Mir-208-P2 Gja-Mir-208-P2 Hsa-Mir-208-P2 Laf-Mir-208-P2 Lch-Mir-208-P2 Mdo-Mir-208-P2 Mml-Mir-208-P2 Mmu-Mir-208-P2 Oan-Mir-208-P2 Ocu-Mir-208-P2 Pab-Mir-208-P2 Pbv-Mir-208-P2 Rno-Mir-208-P2 Sha-Mir-208-P2 Spt-Mir-208-P2 Xla-Mir-208-P2a Xla-Mir-208-P2b Xtr-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_002263795.1_ARS-UCD1.2_BTA) |
NC_037337.1: 21534426-21534482 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-208-P2) |
Mir-208-P1-v1
NC_037337.1: 21505525-21505581 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-208-P1-v2 NC_037337.1: 21505525-21505581 [+] UCSC Ensembl Mir-208-P2 NC_037337.1: 21534426-21534482 [+] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGGCCCCAACUCACUUCCUGUGACGGGCGAGCUUUUGGCCCGGGUUAUACCUGAUGCUCACGUAUAAGACGAGCAAAAAGCUUGUUGGUCAGAGGAGCUACCGCCGAUCAGCCUGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCUGGCCCCAACUCACU--| G G G C GG CUGAU UCCU UGAC GGCGAGCUUUU GC CG UUAUAC \ AGGA ACUG UUGUUCGAAAA CG GC AAUAUG G GUCCGACUAGCCGCCAUCG^ G G A A AG CACUC 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Bta-Mir-208-P2_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GAGCUUUUGGCCCGGGUUAUAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Bta-Mir-208-P2_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUAAGACGAGCAAAAAGCUUGU -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: bta-miR-208a |