| MirGeneDB ID | Mdo-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-208 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AGCUUUU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | mdo-mir-208b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Mdo-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Bta-Mir-208-P1-v1 Bta-Mir-208-P1-v2 Cfa-Mir-208-P1-v1 Cfa-Mir-208-P1-v2 Cja-Mir-208-P1 Cpo-Mir-208-P1-v1 Cpo-Mir-208-P1-v2 Dno-Mir-208-P1-v1 Dno-Mir-208-P1-v2 Dre-Mir-208-P1 Ebu-Mir-208-o1 Eca-Mir-208-P1-v1 Eca-Mir-208-P1-v2 Ete-Mir-208-P1a Ete-Mir-208-P1b Gmo-Mir-208-P1 Hsa-Mir-208-P1-v1 Hsa-Mir-208-P1-v2 Laf-Mir-208-P1 Lch-Mir-208-P1 Loc-Mir-208-P1c Loc-Mir-208-P1d Loc-Mir-208-P1e Mal-Mir-208-P1 Mml-Mir-208-P1-v1 Mml-Mir-208-P1-v2 Mmr-Mir-208-P1-v1 Mmr-Mir-208-P1-v2 Mmu-Mir-208-P1-v1 Mmu-Mir-208-P1-v2 Mun-Mir-208-P1 Neu-Mir-208-P1 Ocu-Mir-208-P1-v1 Ocu-Mir-208-P1-v2 Pab-Mir-208-P1 Rno-Mir-208-P1-v1 Rno-Mir-208-P1-v2 Sha-Mir-208-P1 Sto-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (monDom5_add) |
1: 172843322-172843378 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-208-P1) |
Mir-208-P2
1: 172794240-172794296 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-208-P1 1: 172843322-172843378 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCCCACUCCUGCAUCUUCUCCUCUCAGGGAAGCUUUUUGCUCGGGUUAUGUUUUGGAUCUGAAUAUAAGACGAACAAAAGGUUUGUCUGUGUGCAGAGAGUUACAGCAUGUGGCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCCCCACUCCUGCAUCUUCUC -----| G C GG UUUGG CUCU CAGG AAGCUUUUUG UCG UUAUGU \ GAGA GUCU UUUGGAAAAC AGC AAUAUA A GACGGUGUACGACAUUGA--- CGUGU^ G A AG AGUCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Mdo-Mir-208-P1_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0028612 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AAGCUUUUUGCUCGGGUUAUGU -22
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-208b-5p |
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| Co-mature sequence | Mdo-Mir-208-P1_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0028613 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- AUAAGACGAACAAAAGGUUUGU -57
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-208b-3p |
