MirGeneDB ID | Cja-Mir-208-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-208 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cja-Mir-208-P2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-208-P1-v1 Bta-Mir-208-P1-v2 Cfa-Mir-208-P1-v1 Cfa-Mir-208-P1-v2 Cpo-Mir-208-P1-v1 Cpo-Mir-208-P1-v2 Dno-Mir-208-P1-v1 Dno-Mir-208-P1-v2 Dre-Mir-208-P1 Ebu-Mir-208-o1 Eca-Mir-208-P1-v1 Eca-Mir-208-P1-v2 Ete-Mir-208-P1a Ete-Mir-208-P1b Gmo-Mir-208-P1 Hsa-Mir-208-P1-v1 Hsa-Mir-208-P1-v2 Laf-Mir-208-P1 Lch-Mir-208-P1 Loc-Mir-208-P1c Loc-Mir-208-P1d Loc-Mir-208-P1e Mal-Mir-208-P1 Mdo-Mir-208-P1 Mml-Mir-208-P1-v1 Mml-Mir-208-P1-v2 Mmr-Mir-208-P1-v1 Mmr-Mir-208-P1-v2 Mmu-Mir-208-P1-v1 Mmu-Mir-208-P1-v2 Mun-Mir-208-P1 Neu-Mir-208-P1 Ocu-Mir-208-P1-v1 Ocu-Mir-208-P1-v2 Pab-Mir-208-P1 Rno-Mir-208-P1-v1 Rno-Mir-208-P1-v2 Sha-Mir-208-P1 Sto-Mir-208-P1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021924.1: 53578788-53578844 [-] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCUGGCCCCAGUAUUAUCUCCUCUCAGGGAAGCUUUUUGCUCGAAUUAUGUUUCUGAUCCGAAUAUAAGACGAACAAAAGGUUUGUCUGAGGGCAGAGUGCUUCCGUCUGGGGCAAGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCUGGCCCCAGUAUUA--| C G C AA UUCUG UCU CUCUCAGG AAGCUUUUUG UCG UUAUGU \ AGA GGGAGUCU UUUGGAAAAC AGC AAUAUA A AACGGGGUCUGCCUUCGUG^ C G A AG AGCCU 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cja-Mir-208-P1_5p* (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGCUUUUUGCUCGAAUUAUGU -22
Get sequence
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cja-Mir-208-P1_3p (predicted) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUAAGACGAACAAAAGGUUUGU -57
Get sequence
|