MirGeneDB ID | Cfa-Mir-208-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-208 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-208b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-208-P1-v2 Cfa-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-208-P1-v1 Bta-Mir-208-P1-v2 Cja-Mir-208-P1 Cpo-Mir-208-P1-v1 Cpo-Mir-208-P1-v2 Dno-Mir-208-P1-v1 Dno-Mir-208-P1-v2 Dre-Mir-208-P1 Ebu-Mir-208-o1 Eca-Mir-208-P1-v1 Eca-Mir-208-P1-v2 Ete-Mir-208-P1a Ete-Mir-208-P1b Gmo-Mir-208-P1 Hsa-Mir-208-P1-v1 Hsa-Mir-208-P1-v2 Laf-Mir-208-P1 Lch-Mir-208-P1 Loc-Mir-208-P1c Loc-Mir-208-P1d Loc-Mir-208-P1e Mal-Mir-208-P1 Mdo-Mir-208-P1 Mml-Mir-208-P1-v1 Mml-Mir-208-P1-v2 Mmr-Mir-208-P1-v1 Mmr-Mir-208-P1-v2 Mmu-Mir-208-P1-v1 Mmu-Mir-208-P1-v2 Mun-Mir-208-P1 Neu-Mir-208-P1 Ocu-Mir-208-P1-v1 Ocu-Mir-208-P1-v2 Pab-Mir-208-P1 Rno-Mir-208-P1-v1 Rno-Mir-208-P1-v2 Sha-Mir-208-P1 Sto-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr8: 3665170-3665226 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-208-P1-v1) |
Mir-208-P2
chr8: 3636925-3636981 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-208-P1-v1 chr8: 3665170-3665226 [-] UCSC Ensembl Mir-208-P1-v2 chr8: 3665170-3665226 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAGGGCCCCAGCUCCUUCUCCUCUCAGGGAAGCUUUUUGCUCGCGUUAUGUUUCUCAUCCGAAUAUAAGACGAACAAAAGGUUUGUCUGAGGGUAGAGUGCUCCCACCAGGGGCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCAGGGCCCCAGCUCCU--| C G C CG UUCUC UCU CUCUCAGG AAGCUUUUUG UCG UUAUGU \ AGA GGGAGUCU UUUGGAAAAC AGC AAUAUA A GACGGGGACCACCCUCGUG^ U G A AG AGCCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Cfa-Mir-208-P1-v1_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGCUUUUUGCUCGCGUUAUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Cfa-Mir-208-P1-v1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0009869 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUAAGACGAACAAAAGGUUUGU -57
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-208b miRDB: MIMAT0009869 |