MirGeneDB ID | Pab-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-208 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UAAGACG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pab-Mir-208-P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-208-P1-v1 Bta-Mir-208-P1-v2 Cfa-Mir-208-P1-v1 Cfa-Mir-208-P1-v2 Cja-Mir-208-P1 Cpo-Mir-208-P1-v1 Cpo-Mir-208-P1-v2 Dno-Mir-208-P1-v1 Dno-Mir-208-P1-v2 Dre-Mir-208-P1 Ebu-Mir-208-o1 Eca-Mir-208-P1-v1 Eca-Mir-208-P1-v2 Ete-Mir-208-P1a Ete-Mir-208-P1b Gmo-Mir-208-P1 Hsa-Mir-208-P1-v1 Hsa-Mir-208-P1-v2 Laf-Mir-208-P1 Lch-Mir-208-P1 Loc-Mir-208-P1c Loc-Mir-208-P1d Loc-Mir-208-P1e Mal-Mir-208-P1 Mdo-Mir-208-P1 Mml-Mir-208-P1-v1 Mml-Mir-208-P1-v2 Mmr-Mir-208-P1-v1 Mmr-Mir-208-P1-v2 Mmu-Mir-208-P1-v1 Mmu-Mir-208-P1-v2 Mun-Mir-208-P1 Neu-Mir-208-P1 Ocu-Mir-208-P1-v1 Ocu-Mir-208-P1-v2 Rno-Mir-208-P1-v1 Rno-Mir-208-P1-v2 Sha-Mir-208-P1 Sto-Mir-208-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054694.2: 26947604-26947660 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCCGGCCCCACCUCCUUCUCCUCUCAGGGAAGCUUUUUGCUCGAAUUAUGUUUCUGAUCCGAAUAUAAGACGAACAAAAGGUUUGUCUGAGGGCAGAGUGCUUCCGUCUGGGGCAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CCCCGGCCCCACCUCCU--| C G C AA UUCUG UCU CUCUCAGG AAGCUUUUUG UCG UUAUGU \ AGA GGGAGUCU UUUGGAAAAC AGC AAUAUA A GACGGGGUCUGCCUUCGUG^ C G A AG AGCCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Pab-Mir-208-P1_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AAGCUUUUUGCUCGAAUUAUGU -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Pab-Mir-208-P1_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- AUAAGACGAACAAAAGGUUUGU -57
Get sequence
|