MirGeneDB ID | Mml-Mir-506-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UUGUCGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Rhesus monkey (Macaca mulatta) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mml-mir-508 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Mml-Mir-506-P1 Mml-Mir-506-P2 Mml-Mir-506-P4d Mml-Mir-506-P4e Mml-Mir-506-P4f Mml-Mir-506-P5 Mml-Mir-506-P6a Mml-Mir-506-P6b1 Mml-Mir-506-P6b2 Mml-Mir-506-P6c1 Mml-Mir-506-P6c2 Mml-Mir-506-P7a Mml-Mir-506-P8 Mml-Mir-506-P9 Mml-Mir-506-P10 Mml-Mir-506-P11 Mml-Mir-506-P12 Mml-Mir-506-P13 Mml-Mir-506-P29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-506-P3 Cfa-Mir-506-P3a Cfa-Mir-506-P3b Cpo-Mir-506-o3 Dno-Mir-506-P3 Hsa-Mir-506-P3 Ocu-Mir-506-P3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (rheMac8_trace) |
chrX: 140953023-140953080 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-506-P3) |
Mir-506-P6b1
chrX: 140909251-140909308 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-506-P6c1 chrX: 140924370-140924427 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P6a chrX: 140933343-140933400 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P1 chrX: 140946831-140946887 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P2 chrX: 140947157-140947214 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P3 chrX: 140953023-140953080 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P8 chrX: 140957066-140957123 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P4e chrX: 140966427-140966484 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P5 chrX: 140974554-140974611 [-] UCSC Ensembl Mir-506-P7a chrX: 140981185-140981242 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUCACCAUCUUCAGCUGAGUGUCGUGCUCUACUCCAGAGGGCGUCACUCACAUAAACUAAAACAUGAUUGUCGCCUUUUUGAGUAGAGUAAUACACAUCACGUAAGGCAUAUUUGGUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUCACCAUCUUCAGCU- -| CG C U C CAUAAA GA GUGU UGCUCUACUC AGAGGGCG CA UCA C CU CACA AUGAGAUGAG UUUUCCGC GU AGU U UGGUUUAUACGGAAUGCA A^ UA U U U ACAAAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Comment | The Dicer cut is shifted -2 relative to human. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Mml-Mir-506-P3_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0026746 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUCCAGAGGGCGUCACUCA -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-508-5p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Mml-Mir-506-P3_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0005764 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AUUGUCGCCUUUUUGAGUAGA -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: mml-miR-508-3p |