MirGeneDB ID | Pab-Mir-506-P1c13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GAUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pab-Mir-506-P1a Pab-Mir-506-P1b Pab-Mir-506-P1c7 Pab-Mir-506-P1c8 Pab-Mir-506-P1c9 Pab-Mir-506-P1c10 Pab-Mir-506-P1c11 Pab-Mir-506-P1c12 Pab-Mir-506-P1d Pab-Mir-506-P1e Pab-Mir-506-P2b Pab-Mir-506-P3 Pab-Mir-506-P4 Pab-Mir-506-P5o5 Pab-Mir-506-P5o6 Pab-Mir-506-P5o7 Pab-Mir-506-P5o8 Pab-Mir-506-P6a Pab-Mir-506-P6b Pab-Mir-506-P6c Pab-Mir-506-P6d Pab-Mir-506-P6e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Cfa-Mir-506-P1 Cja-Mir-506-P1c Laf-Mir-506 Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. abelii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
ref|NC_036926.1|:142254888-142255151: 100-157 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAUCCUCAGACGUGCUGUGUGUGGUACCCUACUGCAGACAGUGGCAAUCAUGUACAAUUAAAAAUGAUUGGUACGUUUGCGGGUAGAGUACUGCAUGACACAUGCAACAUACAUGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCAUCCUCAGACGUGCU- - UG C -| A G GUACA GU GUG GUAC CUA CUGCAGAC GUG CAAUCAU A CA UAC CAUG GAU GGCGUUUG CAU GUUAGUA U UAGUACAUACAACGUACA G GU A G^ - G AAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pab-Mir-506-P1c13_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UACUGCAGACAGUGGCAAUCAUG -23
Get sequence
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Mature sequence | Pab-Mir-506-P1c13_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGAUUGGUACGUUUGCGGGUAGA -58
Get sequence
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