| MirGeneDB ID | Pab-Mir-506-P1c7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Family name | MIR-506 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | GAUUGGU | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Pab-Mir-506-P1a Pab-Mir-506-P1b Pab-Mir-506-P1c8 Pab-Mir-506-P1c9 Pab-Mir-506-P1c10 Pab-Mir-506-P1c11 Pab-Mir-506-P1c12 Pab-Mir-506-P1c13 Pab-Mir-506-P1d Pab-Mir-506-P1e Pab-Mir-506-P2b Pab-Mir-506-P3 Pab-Mir-506-P4 Pab-Mir-506-P5o5 Pab-Mir-506-P5o6 Pab-Mir-506-P5o7 Pab-Mir-506-P5o8 Pab-Mir-506-P6a Pab-Mir-506-P6b Pab-Mir-506-P6c Pab-Mir-506-P6d Pab-Mir-506-P6e | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Cfa-Mir-506-P1 Cja-Mir-506-P1c Laf-Mir-506 Rno-Mir-506-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | P. abelii | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Eutheria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054702.2: 153537745-153537802 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCAUCCUCAGACAUGCUGUGUGUGGUACCCUACUGCAGGCAGUGGCAAUCAUGUAUAAUUAAAAAUGAUUGGUACGUCUGCAGGUAGAGUACUGCAUGACACAUGCAACAUACAUGAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 CCAUCCUCAGACAUGCU- - UG C -| A G GUAUA GU GUG GUAC CUA CUGCAGGC GUG CAAUCAU A CA UAC CAUG GAU GACGUCUG CAU GUUAGUA U UAGUACAUACAACGUACA G GU A G^ - G AAAAU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Star sequence | Pab-Mir-506-P1c7_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- UACUGCAGGCAGUGGCAAUCAUG -23
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Mature sequence | Pab-Mir-506-P1c7_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
35- UGAUUGGUACGUCUGCAGGUAGA -58
Get sequence
|
