MirGeneDB ID | Pma-Mir-128-o1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-128 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CACAGUG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | pma-mir-128-1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Pma-Mir-128-o2 Pma-Mir-128-o3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-128-P1 Ami-Mir-128-P1 Bta-Mir-128-P1 Cfa-Mir-128-P1 Cja-Mir-128-P1 Cli-Mir-128-P1 Cmi-Mir-128-P1 Cpi-Mir-128-P1 Cpo-Mir-128-P1 Dno-Mir-128-P1 Dre-Mir-128-P1 Ebu-Mir-128 Eca-Mir-128-P1 Ete-Mir-128-P1 Gga-Mir-128-P1 Gja-Mir-128-P1 Gmo-Mir-128-P1 Hsa-Mir-128-P1 Laf-Mir-128-P1 Lch-Mir-128-P1 Loc-Mir-128-P1 Mal-Mir-128-P1 Mdo-Mir-128-P1 Mml-Mir-128-P1 Mmr-Mir-128-P1 Mmu-Mir-128-P1 Mun-Mir-128-P1 Neu-Mir-128-P1 Oan-Mir-128-P1 Ocu-Mir-128-P1 Pab-Mir-128-P1 Pbv-Mir-128-P1 Rno-Mir-128-P1 Sha-Mir-128-P1 Spt-Mir-128-P1 Sto-Mir-128-P1 Tgu-Mir-128-P1 Tni-Mir-128-P1 Xla-Mir-128-P1a Xla-Mir-128-P1b Xtr-Mir-128-P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | P. marinus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046078.1: 9991857-9991920 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CACAGUGAUGGACGACGUGGGUGUCCGGGCUGGAGGCCGUCACACUGCCCGAGAGCAAUGAGCCUGGCUGUCUCACAGUGAACCGGUCUCUUUCCCUGGCAACCCCCCCCCCCCCCUGCCCUCGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 60 CACAGUGAUGGACGACGU- -| C CU UCA CCC GCAAUGA GGG UGUC GGG GGAGGCCG CACUG GAGA G CCC ACGG CCC UCUCUGGC GUGAC CUCU C GCUCCCGUCCCCCCCCCCC A^ U UU CAA A-- GUCGGUC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Pma-Mir-128-o1_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UGGAGGCCGUCACACUGCCCGAGA -24
Get sequence
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Mature sequence | Pma-Mir-128-o1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0019449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
42- UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC -64
Get sequence
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