MirGeneDB ID | Cfa-Mir-147-P1-v1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Dog (Canis familiaris) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cfa-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cfa-Mir-147-P1-v2 Cfa-Mir-147-P2-v1 Cfa-Mir-147-P2-v2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Bta-Mir-147 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Lch-Mir-147 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pma-Mir-147 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | C. familiaris | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (canFam3_add) |
chr30: 11800635-11800694 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-147-P1-v1) |
Mir-147-P1-v1
chr30: 11800635-11800694 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-147-P1-v2 chr30: 11800636-11800693 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUUCUUUCAAAGAGUACUCUAUGAAUCUAGUGGAAACAUUGCUGCACAAACUAGAUUAUGGAUACCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGCUUGACUACAUUUUCGGACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUUUCUUUCAAAGAGUA--| U C UG A G AACUAGAUU CUCUA GAAU UAG GAA CAUU CUGCACA A GGGAU UUUA AUC CUU GUAA GGCGUGU U CAGGCUUUUACAUCAGUUC^ U C GU C A GACCAUAGG . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | Although there are three potential precursor sequences in the assembled dog genome, one one of them is supported by read data for both the 5p and 3p arm so only one copy of Mir-147 is annotated here. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cfa-Mir-147-P1-v1_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGGAAACAUUGCUGCACAAACU -23
Get sequence
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Mature sequence | Cfa-Mir-147-P1-v1_3p |
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mirBase accession | MIMAT0009874 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUA -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: cfa-miR-147 miRDB: MIMAT0009874 |