MirGeneDB ID | Mdo-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | mdo-mir-147b | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-147-v1 Aca-Mir-147-v2 Ami-Mir-147-v1 Ami-Mir-147-v2 Bta-Mir-147 Cfa-Mir-147-P1-v1 Cfa-Mir-147-P1-v2 Cfa-Mir-147-P2-v1 Cfa-Mir-147-P2-v2 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Cpi-Mir-147-v1 Cpi-Mir-147-v2 Cpo-Mir-147-v1 Cpo-Mir-147-v2 Dno-Mir-147-v1 Dno-Mir-147-v2 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Gja-Mir-147-P3a-v1 Gja-Mir-147-P3a-v2 Gja-Mir-147-P3b-v1 Gja-Mir-147-P3b-v2 Hsa-Mir-147-v1 Hsa-Mir-147-v2 Laf-Mir-147-P4 Laf-Mir-147-P5 Lch-Mir-147 Loc-Mir-147-v1 Loc-Mir-147-v2 Mal-Mir-147-v1 Mal-Mir-147-v2 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pbv-Mir-147-v1 Pbv-Mir-147-v2 Pma-Mir-147 Rno-Mir-147-v1 Rno-Mir-147-v2 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (monDom5_add) |
1: 203612042-203612101 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UCUCCUUCUAAAGUCUACUCUAUGAAUCUAGUGGAAACAUCUCCGCACAAACUAGACUACUGAAACCAGUGUGCGGAAGUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGUCUCCCUACAUUUUUGGGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UCUCCUUCUAAAGUCUA--| U C UG A UC AACUAGACU CUCUA GAAU UAG GAA CA UCCGCACA A GGGAU UUUA AUC CUU GU AGGCGUGU C CGGGUUUUUACAUCCCUCU^ U C GU C GA GACCAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Mdo-Mir-147_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGGAAACAUCUCCGCACAAAC -22
Get sequence
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Mature sequence | Mdo-Mir-147_3p |
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mirBase accession | MIMAT0012757 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGUGCGGAAGUGCUUCUGCUA -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: mdo-miR-147b |