MirGeneDB ID | Sha-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tasmanian devil (Sarcophilus harrisii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-147-v1 Aca-Mir-147-v2 Ami-Mir-147-v1 Ami-Mir-147-v2 Bta-Mir-147 Cfa-Mir-147-P1-v1 Cfa-Mir-147-P1-v2 Cfa-Mir-147-P2-v1 Cfa-Mir-147-P2-v2 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Cpi-Mir-147-v1 Cpi-Mir-147-v2 Cpo-Mir-147-v1 Cpo-Mir-147-v2 Dno-Mir-147-v1 Dno-Mir-147-v2 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Gja-Mir-147-P3a-v1 Gja-Mir-147-P3a-v2 Gja-Mir-147-P3b-v1 Gja-Mir-147-P3b-v2 Hsa-Mir-147-v1 Hsa-Mir-147-v2 Laf-Mir-147-P4 Laf-Mir-147-P5 Lch-Mir-147 Loc-Mir-147-v1 Loc-Mir-147-v2 Mal-Mir-147-v1 Mal-Mir-147-v2 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pbv-Mir-147-v1 Pbv-Mir-147-v2 Pma-Mir-147 Rno-Mir-147-v1 Rno-Mir-147-v2 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (DEVIL_add) |
GL834512.1: 233302-233361 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGUUUCCUUCUAAAUCACACACUGAAUCUAAUGGAAACAUUUCUGCACAAACUAGACUAUUGAAACCAGUGUGCAAAAUUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGAAUACAUAGGAAAUUUCCAUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGUUUCCUUCUAAAUCACACA UC--| AU A U C AACUAGACU CUGAA UA GGAA CA UU UGCACA A GAUUU AU UCUU GU AA ACGUGU U UACCUUUAAAGGAUACAUAAG UUAC^ CG C U A GACCAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Sha-Mir-147_5p* (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AUGGAAACAUUUCUGCACAAAC -22
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Sha-Mir-147_3p (predicted) |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGUGCAAAAUUGCUUCUGCUA -60
Get sequence
|