MirGeneDB ID | Gga-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Chicken (Gallus gallus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | gga-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-147-v1 Aca-Mir-147-v2 Ami-Mir-147-v1 Ami-Mir-147-v2 Bta-Mir-147 Cfa-Mir-147-P1-v1 Cfa-Mir-147-P1-v2 Cfa-Mir-147-P2-v1 Cfa-Mir-147-P2-v2 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Cpi-Mir-147-v1 Cpi-Mir-147-v2 Cpo-Mir-147-v1 Cpo-Mir-147-v2 Dno-Mir-147-v1 Dno-Mir-147-v2 Eca-Mir-147 Gja-Mir-147-P3a-v1 Gja-Mir-147-P3a-v2 Gja-Mir-147-P3b-v1 Gja-Mir-147-P3b-v2 Hsa-Mir-147-v1 Hsa-Mir-147-v2 Laf-Mir-147-P4 Laf-Mir-147-P5 Lch-Mir-147 Loc-Mir-147-v1 Loc-Mir-147-v2 Mal-Mir-147-v1 Mal-Mir-147-v2 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pbv-Mir-147-v1 Pbv-Mir-147-v2 Pma-Mir-147 Rno-Mir-147-v1 Rno-Mir-147-v2 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (Gallus_gallus.GRCg6a) |
10: 11118953-11119012 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UGUUGCCUCUAAAGGUACUCUAUGAAUCUAGUGGAAUCACUUCUGCACAAACUUGACUACUGAAAUCAGUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGUCUCCCUCCAUUUUUUGGGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UGUUGCCUCUAAAGGUA--| U C UG U C AACUUGACU CUCUA GAAU UAG GAA CA UUCUGCACA A GGGAU UUUA AUC CUU GU AAGGCGUGU C GGGUUUUUUACCUCCCUCU^ U C GU C A GACUAAAGU . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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Comment | There is a second Drosha cut -2 on the 5p arm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Gga-Mir-147_5p* |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGGAAUCACUUCUGCACAAACU -23
Get sequence
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Mature sequence | Gga-Mir-147_3p |
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mirBase accession | MIMAT0003352 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGUGCGGAAAUGCUUCUGCUA -60
Get sequence
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Proposed targets |
TargetScanVert: gga-miR-147 miRDB: MIMAT0003352 |