| MirGeneDB ID | Pma-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-147 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | UGUGCGG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Sea Lamprey (Petromyzon marinus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | pma-mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-147-v1 Aca-Mir-147-v2 Ami-Mir-147-v1 Ami-Mir-147-v2 Bta-Mir-147 Cfa-Mir-147-P1-v1 Cfa-Mir-147-P1-v2 Cfa-Mir-147-P2-v1 Cfa-Mir-147-P2-v2 Cja-Mir-147 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Cpi-Mir-147-v1 Cpi-Mir-147-v2 Cpo-Mir-147-v1 Cpo-Mir-147-v2 Dno-Mir-147-v1 Dno-Mir-147-v2 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Gja-Mir-147-P3a-v1 Gja-Mir-147-P3a-v2 Gja-Mir-147-P3b-v1 Gja-Mir-147-P3b-v2 Hsa-Mir-147-v1 Hsa-Mir-147-v2 Laf-Mir-147-P4 Laf-Mir-147-P5 Lch-Mir-147 Loc-Mir-147-v1 Loc-Mir-147-v2 Mal-Mir-147-v1 Mal-Mir-147-v2 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pbv-Mir-147-v1 Pbv-Mir-147-v2 Rno-Mir-147-v1 Rno-Mir-147-v2 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (GCF_010993605.1_kPetMar1.pri_genomic) |
NC_046125.1: 6551863-6551929 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CCCGGCCGGCCCCGCAUCCCCAGUGAGAUUAGCUGAAUCAAUUCCGCUCAGACUCGUGUGAGUUUCGACUGCGAGUGUGCGGAUUUGCUUCUGCCAAUCUCCUCGGGGCAGUUCUUCAGCGGUGAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 CCCGGCCGGCCCCGCAU-- -| U A U U U UC G GUGUGAGU CCCC AG GAGAUU GC GAA CAA UCCGC A ACUC \ GGGG UC CUCUAA CG CUU GUU AGGCG U UGAG U CGAGUGGCGACUUCUUGAC C^ - C U C U -- G CGUCAGCU 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| Comment | Not in assembly but in trace archives. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17), UGUG in loop | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Pma-Mir-147_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- AGCUGAAUCAAUUCCGCUCAGACUC -25
Get sequence
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| Mature sequence | Pma-Mir-147_3p |
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| mirBase accession | MIMAT0019480 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
44- GUGUGCGGAUUUGCUUCUGCCAA -67
Get sequence
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