MirGeneDB ID | Cja-Mir-147 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-147 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | UGUGCGG | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-147-v1 Aca-Mir-147-v2 Ami-Mir-147-v1 Ami-Mir-147-v2 Bta-Mir-147 Cfa-Mir-147-P1-v1 Cfa-Mir-147-P1-v2 Cfa-Mir-147-P2-v1 Cfa-Mir-147-P2-v2 Cli-Mir-147 Cmi-Mir-147 Cpi-Mir-147-v1 Cpi-Mir-147-v2 Cpo-Mir-147-v1 Cpo-Mir-147-v2 Dno-Mir-147-v1 Dno-Mir-147-v2 Eca-Mir-147 Gga-Mir-147 Gja-Mir-147-P3a-v1 Gja-Mir-147-P3a-v2 Gja-Mir-147-P3b-v1 Gja-Mir-147-P3b-v2 Hsa-Mir-147-v1 Hsa-Mir-147-v2 Laf-Mir-147-P4 Laf-Mir-147-P5 Lch-Mir-147 Loc-Mir-147-v1 Loc-Mir-147-v2 Mal-Mir-147-v1 Mal-Mir-147-v2 Mdo-Mir-147 Mml-Mir-147 Mmr-Mir-147 Mmu-Mir-147 Neu-Mir-147 Oan-Mir-147 Ocu-Mir-147 Pab-Mir-147 Pbv-Mir-147-v1 Pbv-Mir-147-v2 Pma-Mir-147 Rno-Mir-147-v1 Rno-Mir-147-v2 Sha-Mir-147 Spt-Mir-147 Tgu-Mir-147 Tni-Mir-147 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021924.1: 28688268-28688327 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | CUUUGUUUUGAAGAGUACUCUAUAAAUUUAGUGGAAACAUUUCUGUGCAAACUAGAUUCUAGACACCAGUGUGCGGAAGCGCUUCUGCUACAUUUUUAGGGUUUGUCUACAUUUUUUGGAGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 CUUUGUUUUGAAGAGUA--| U U UG ACA UG AACUAGAUU CUCUA AAAU UAG GAA UUUCUG CA C GGGAU UUUA AUC CUU GAAGGC GU U AGGUUUUUUACAUCUGUUU^ U C GU CGC GU GACCACAGA . 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-147_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- GUGGAAACAUUUCUGUGCAAACU -23
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-147_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
38- GUGUGCGGAAGCGCUUCUGCUA -60
Get sequence
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