MirGeneDB ID | Cja-Mir-92-P2a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-92 (all species) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | AUUGCAC | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | White-tufted-ear marmoset (Callithrix jacchus) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Cja-Mir-92-P1a Cja-Mir-92-P1c Cja-Mir-92-P1d Cja-Mir-92-P2c Cja-Mir-92-P2d | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-92-P2a Ami-Mir-92-P2a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2a Cli-Mir-92-P2a Cmi-Mir-92-P2a Cpi-Mir-92-P2a Cpo-Mir-92-P2a Dno-Mir-92-P2a Eca-Mir-92-P2a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2a Gga-Mir-92-P2a Gja-Mir-92-P2a Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2a Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2a Mdo-Mir-92-P2a Mml-Mir-92-P2a Mmr-Mir-92-P2a Mmu-Mir-92-P2a Mun-Mir-92-P2a Neu-Mir-92-P2a Oan-Mir-92-P2a Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2a Pab-Mir-92-P2a Rno-Mir-92-P2a Sha-Mir-92-P2a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2a Sto-Mir-92-P2a Tgu-Mir-92-P2a Xla-Mir-92-P2a Xtr-Mir-92-P2a | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Bilateria | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_011100555.2_mCalJa1.2.pat.X_genomic) |
CM021917.1: 80664486-80664544 [+] UCSC Ensembl | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUUGUGUGCAGUUCAUGGCUACAGGCCAUUACUGUUGCUAAUAUGCAACUCUGUUGAACAAAAUUGGAAUUGCACUUUAGCAAUGGUGAUGGAUUGUUAAGCCAACGACAACAGAAUUUGet precursor sequence | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUUGUGUGCAGUUCAUGGCU--| G UA C GUUGAA ACAG CCAUUACUGUUGCUAA UGCAA UCU \ UGUU GGUAGUGGUAACGAUU ACGUU AGG C UUUAAGACAACAGCAACCGAAU^ A UC A UUAAAA 110 100 90 80 70 60 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | Unknown | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Cja-Mir-92-P2a_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- ACUGUUGCUAAUAUGCAACUCU -22
Get sequence
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Mature sequence | Cja-Mir-92-P2a_3p (predicted) |
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mirBase accession | None | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
37- AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA -59
Get sequence
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