| MirGeneDB ID | Cpi-Mir-92-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-92 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AUUGCAC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Western painted turtle (Chrysemys picta bellii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | cpi-mir-367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Cpi-Mir-92-P1a Cpi-Mir-92-P1c Cpi-Mir-92-P1d Cpi-Mir-92-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-92-P2a Ami-Mir-92-P2a Asu-Mir-92 Bfl-Mir-92-o2 Bla-Mir-92-o2 Bta-Mir-92-P2a Cel-Mir-92 Cfa-Mir-92-P2a Cja-Mir-92-P2a Cli-Mir-92-P2a Cmi-Mir-92-P2a Cpo-Mir-92-P2a Dno-Mir-92-P2a Eca-Mir-92-P2a Esc-Mir-92 Ete-Mir-92-P2a Gga-Mir-92-P2a Gja-Mir-92-P2a Gsp-Mir-92 Hmi-Mir-92 Hsa-Mir-92-P2a Isc-Mir-92 Laf-Mir-92-P2a Mdo-Mir-92-P2a Mml-Mir-92-P2a Mmr-Mir-92-P2a Mmu-Mir-92-P2a Mun-Mir-92-P2a Neu-Mir-92-P2a Oan-Mir-92-P2a Obi-Mir-92 Ocu-Mir-92-P2a Pab-Mir-92-P2a Rno-Mir-92-P2a Sha-Mir-92-P2a Sme-Mir-92 Spt-Mir-92-P2a Sto-Mir-92-P2a Tgu-Mir-92-P2a Xla-Mir-92-P2a Xtr-Mir-92-P2a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Bilateria | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (chrPic1) |
JH584529: 6231226-6231285 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-92-P2a) |
Mir-92-P2a
JH584529: 6231226-6231285 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-430-P4 JH584529: 6231913-6231973 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P3 JH584529: 6232389-6232449 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P2 JH584529: 6232768-6232825 [-] UCSC Ensembl Mir-430-P1 JH584529: 6233041-6233100 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AUAUUUAUAUAUCUUAAACUGCAGGCCACUACUGUUGCUAAUAUGCAACUCUGUUGUGUAAAAGCUGGAAUUGCACUUUAGCAAUGGUGAUGGACUGUAAGACAUACAAAUAGAUAUUACGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AUAUUUAUAUAUCUUAAAC--| G C UA C GUUGUG UGCAG CCA UACUGUUGCUAA UGCAA UCU U AUGUC GGU GUGGUAACGAUU ACGUU AGG A CAUUAUAGAUAAACAUACAGA^ A A UC A UCGAAA . 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| 3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Star sequence | Cpi-Mir-92-P2a_5p* (predicted) |
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| mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- ACUGUUGCUAAUAUGCAACUCU -22
Get sequence
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| Mature sequence | Cpi-Mir-92-P2a_3p (predicted) |
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| mirBase accession | MIMAT0037872 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA -60
Get sequence
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