MirGeneDB ID | Cpo-Mir-150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-150 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCCCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Guinea pig (Cavia porcellus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | cpo-mir-150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-150 Ami-Mir-150 Bta-Mir-150 Cfa-Mir-150 Cja-Mir-150 Cmi-Mir-150 Dno-Mir-150 Dre-Mir-150 Eca-Mir-150 Ete-Mir-150 Gja-Mir-150 Gmo-Mir-150 Hsa-Mir-150 Laf-Mir-150 Lch-Mir-150 Loc-Mir-150 Mal-Mir-150 Mdo-Mir-150 Mml-Mir-150 Mmr-Mir-150 Mmu-Mir-150 Mun-Mir-150 Neu-Mir-150 Oan-Mir-150 Ocu-Mir-150 Pab-Mir-150 Pbv-Mir-150 Rno-Mir-150 Sha-Mir-150 Spt-Mir-150 Sto-Mir-150 Tni-Mir-150 Xla-Mir-150-P1 Xla-Mir-150-P2 Xtr-Mir-150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (cavPor3) |
scaffold_70: 8005631-8005687 [+] UCSC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GGCCACUCCACUUCUCUCCUCACGGCCCUGUCUCCCAACCCUUGUACCAGUGCUGUGCCUCAGACGCUGGUACAGGCCUGGGGGGCAGGGAACUGGGGACUGUGGCACCUGUGGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GGCCACUCCACUUCUCU--| CGG AC U CUGUG CCUCA CCCUGUCUCCCA CCU GUACCAGUG C GGGGU GGGACGGGGGGU GGA CAUGGUCGC C CCGGGUGUCCACGGUGUCA^ CAA CC - AGACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Cpo-Mir-150_5p |
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mirBase accession | MIMAT0047028 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUCCCAACCCUUGUACCAGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Cpo-Mir-150_3p* (predicted) |
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mirBase accession | MIMAT0047029 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CUGGUACAGGCCUGGGGGGCA -57
Get sequence
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