MirGeneDB ID | Eca-Mir-150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-150 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCCCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-150 Ami-Mir-150 Bta-Mir-150 Cfa-Mir-150 Cja-Mir-150 Cmi-Mir-150 Cpo-Mir-150 Dno-Mir-150 Dre-Mir-150 Ete-Mir-150 Gja-Mir-150 Gmo-Mir-150 Hsa-Mir-150 Laf-Mir-150 Lch-Mir-150 Loc-Mir-150 Mal-Mir-150 Mdo-Mir-150 Mml-Mir-150 Mmr-Mir-150 Mmu-Mir-150 Mun-Mir-150 Neu-Mir-150 Oan-Mir-150 Ocu-Mir-150 Pab-Mir-150 Pbv-Mir-150 Rno-Mir-150 Sha-Mir-150 Spt-Mir-150 Sto-Mir-150 Tni-Mir-150 Xla-Mir-150-P1 Xla-Mir-150-P2 Xtr-Mir-150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009157.1: 19592434-19592490 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGCAGCGGCUCGUCUCUCCCCACGGCCCUGUCUCCCAACCCUUGUACCAGUGCUGUGCCUCGGUCCCUGGUACAGGCAUGGGGGGCAGGGACCUGGGGGCACCAGCAGCGCCGGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGCAGCGGCUCGUCUCU--| C - ACC UGCUGUG CCCCA GG CCCUGUCUCCCA CUUGUACCAG C GGGGU CC GGGACGGGGGGU GGACAUGGUC C CCGGGCCGCGACGACCACG^ - A AC- CCUGGCU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Eca-Mir-150_5p |
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mirBase accession | MIMAT0013011 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUCCCAACCCUUGUACCAGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Eca-Mir-150_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CUGGUACAGGCAUGGGGGGCA -57
Get sequence
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