MirGeneDB ID | Pab-Mir-150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-150 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCCCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Sumatran orangutan (Pongo abelii) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-150 Ami-Mir-150 Bta-Mir-150 Cfa-Mir-150 Cja-Mir-150 Cmi-Mir-150 Cpo-Mir-150 Dno-Mir-150 Dre-Mir-150 Eca-Mir-150 Ete-Mir-150 Gja-Mir-150 Gmo-Mir-150 Hsa-Mir-150 Laf-Mir-150 Lch-Mir-150 Loc-Mir-150 Mal-Mir-150 Mdo-Mir-150 Mml-Mir-150 Mmr-Mir-150 Mmu-Mir-150 Mun-Mir-150 Neu-Mir-150 Oan-Mir-150 Ocu-Mir-150 Pbv-Mir-150 Rno-Mir-150 Sha-Mir-150 Spt-Mir-150 Sto-Mir-150 Tni-Mir-150 Xla-Mir-150-P1 Xla-Mir-150-P2 Xtr-Mir-150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_028885655.2_NHGRI_mPonAbe1-v2.0_traces) |
CM054699.2: 55702562-55702617 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCAGCGGCAGCUCCUCUCCCCAUGGCCCUGUCUCCCAACCCUUGUACCAGUGCUGGGCUCAGACCCUGGUACAGGCCUGGGGGACAGGGACCUGGGGACCCCGGCACCGGCAGGCCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCAGCGGCAGCUCCUCU--| U - AC U UGCUGGG CCCCA GG CCCUGUCUCCCA CCU GUACCAG \ GGGGU CC GGGACAGGGGGU GGA CAUGGUC C CCGGACGGCCACGGCCCCA^ - A CC - CCAGACU 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Pab-Mir-150_5p (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUCCCAACCCUUGUACCAGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Pab-Mir-150_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- CUGGUACAGGCCUGGGGGACA -56
Get sequence
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