MirGeneDB ID | Gja-Mir-150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-150 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | CUCCCAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Schlegels Japanese gecko (Gekko japonicus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-150 Ami-Mir-150 Bta-Mir-150 Cfa-Mir-150 Cja-Mir-150 Cmi-Mir-150 Cpo-Mir-150 Dno-Mir-150 Dre-Mir-150 Eca-Mir-150 Ete-Mir-150 Gmo-Mir-150 Hsa-Mir-150 Laf-Mir-150 Lch-Mir-150 Loc-Mir-150 Mal-Mir-150 Mdo-Mir-150 Mml-Mir-150 Mmr-Mir-150 Mmu-Mir-150 Mun-Mir-150 Neu-Mir-150 Oan-Mir-150 Ocu-Mir-150 Pab-Mir-150 Pbv-Mir-150 Rno-Mir-150 Sha-Mir-150 Spt-Mir-150 Sto-Mir-150 Tni-Mir-150 Xla-Mir-150-P1 Xla-Mir-150-P2 Xtr-Mir-150 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCF_001447785.1_Gekko_japonicus) |
NW_015164218.1: 21289-21345 [-] | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AGGAUUUGGGCACACACCUCUCUCCCCCUCUCUCCCAACCCUUGUACCAGUGCUAAUCGAACACCACUGGUACAGAGGAUGGAGGGUAGGGUGGGGCAGAGACAGAGCAGCUCUGAGGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 AGGAUUUGGGCACACACCU - - -| CAA C CUAAU CU CUCC CCCU CUCUCC CC UUGUACCAGUG C GA GGGG GGGA GGGAGG GG GACAUGGUCAC G GAGUCUCGACGAGACAGA- C U U^ UA- A CACAA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | Unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Mature sequence | Gja-Mir-150_5p |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- UCUCCCAACCCUUGUACCAGUG -22
Get sequence
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Star sequence | Gja-Mir-150_3p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
36- CUGGUACAGAGGAUGGAGGGU -57
Get sequence
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