MirGeneDB ID | Eca-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Horse (Equus caballus) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | eca-mir-19a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Eca-Mir-19-P2a Eca-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-19-P1a Ami-Mir-19-P1a Bta-Mir-19-P1a Cfa-Mir-19-P1a Cja-Mir-19-P1a Cli-Mir-19-P1a Cmi-Mir-19-P1a-v1 Cmi-Mir-19-P1a-v2 Cpi-Mir-19-P1a Cpo-Mir-19-P1a Dno-Mir-19-P1a Dre-Mir-19-P1a1 Dre-Mir-19-P1a2 Ete-Mir-19-P1a Gga-Mir-19-P1a Gja-Mir-19-P1a Gmo-Mir-19-P1a1 Gmo-Mir-19-P1a2 Hsa-Mir-19-P1a Laf-Mir-19-P1a Lch-Mir-19-P1a Loc-Mir-19-P1a Mal-Mir-19-P1a2 Mdo-Mir-19-P1a Mml-Mir-19-P1a Mmr-Mir-19-P1a Mmu-Mir-19-P1a Mun-Mir-19-P1a Neu-Mir-19-P1a Oan-Mir-19-P1a Ocu-Mir-19-P1a Pab-Mir-19-P1a Pbv-Mir-19-P1a Rno-Mir-19-P1a Sha-Mir-19-P1a Spt-Mir-19-P1a Sto-Mir-19-P1a-v1 Sto-Mir-19-P1a-v2 Tgu-Mir-19-P1a Tni-Mir-19-P1a1 Tni-Mir-19-P1a2 Xla-Mir-19-P1a3 Xla-Mir-19-P1a4 Xtr-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (GCA_002863925.1_EquCab3.0) |
CM009164.1: 61685331-61685388 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P1a) |
Mir-17-P1a
CM009164.1: 61685042-61685103 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a CM009164.1: 61685182-61685244 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a CM009164.1: 61685331-61685388 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a CM009164.1: 61685496-61685554 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a CM009164.1: 61685631-61685691 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a CM009164.1: 61685748-61685806 [+] UCSC Ensembl |
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Precursor (pre-Mir +30nt flank) | UUGAUAACUUUUUGUUUGCAGUCUUCUGUUAGUUUUGCAUAGUUGCACUACAAGAAGAAUGUAGUUGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGAUGGUGGCCUGCUAUUUCCUUCAAGUGAUUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 UUGAUAACUUUUUGUUU-- U U --| U AAGAA GCAG CU CUGUUAGUUUUGCAUAG UUGCAC AC G CGUC GG GGUAGUCAAAACGUAUC AACGUG UG A UUUAGUGAACUUCCUUUAU C U UA^ U AUGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
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3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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Star sequence | Eca-Mir-19-P1a_5p* (predicted) |
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mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUUUGCAUAGUUGCACUAC -21
Get sequence
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Mature sequence | Eca-Mir-19-P1a_3p |
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mirBase accession | MIMAT0013086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA -58
Get sequence
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