MirGeneDB ID | Xtr-Mir-19-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Family name | MIR-19 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Seed | GUGCAAA | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
MiRBase ID | xtr-mir-19a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Paralogues | Xtr-Mir-19-P2a Xtr-Mir-19-P2c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Orthologues | Aca-Mir-19-P1a Ami-Mir-19-P1a Bta-Mir-19-P1a Cfa-Mir-19-P1a Cja-Mir-19-P1a Cli-Mir-19-P1a Cmi-Mir-19-P1a-v1 Cmi-Mir-19-P1a-v2 Cpi-Mir-19-P1a Cpo-Mir-19-P1a Dno-Mir-19-P1a Dre-Mir-19-P1a1 Dre-Mir-19-P1a2 Eca-Mir-19-P1a Ete-Mir-19-P1a Gga-Mir-19-P1a Gja-Mir-19-P1a Gmo-Mir-19-P1a1 Gmo-Mir-19-P1a2 Hsa-Mir-19-P1a Laf-Mir-19-P1a Lch-Mir-19-P1a Loc-Mir-19-P1a Mal-Mir-19-P1a2 Mdo-Mir-19-P1a Mml-Mir-19-P1a Mmr-Mir-19-P1a Mmu-Mir-19-P1a Mun-Mir-19-P1a Neu-Mir-19-P1a Oan-Mir-19-P1a Ocu-Mir-19-P1a Pab-Mir-19-P1a Pbv-Mir-19-P1a Rno-Mir-19-P1a Sha-Mir-19-P1a Spt-Mir-19-P1a Sto-Mir-19-P1a-v1 Sto-Mir-19-P1a-v2 Tgu-Mir-19-P1a Tni-Mir-19-P1a1 Tni-Mir-19-P1a2 Xla-Mir-19-P1a3 Xla-Mir-19-P1a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 120020122-120020179 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-19-P1a) |
Mir-92-P1a
chr2: 120019748-120019807 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a chr2: 120019867-120019928 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a chr2: 120019995-120020054 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a chr2: 120020122-120020179 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a chr2: 120020263-120020327 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a chr2: 120020393-120020454 [-] UCSC Ensembl |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCCUUUUGCUACUUUGUGCAGUCUUCUGUUAGUUUUGCAUAGUUGCACUACAAGAAAAAUGUAGUUGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGAUGGCAGCCUGUAUUGGCUGCAGUAGCAAGCGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure | 10 20 30 40 50 GCCUUUUGCUACUUUGU-- U U --| U AAGAA GCAG CU CUGUUAGUUUUGCAUAG UUGCAC AC A UGUC GA GGUAGUCAAAACGUAUC AACGUG UG A CGAACGAUGACGUCGGUUA C C UA^ U AUGUA 110 100 90 80 70 60 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Deep sequencing |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Motifs | UG at 5p(-14), CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
|
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Star sequence | Xtr-Mir-19-P1a_5p* |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
0- AGUUUUGCAUAGUUGCACUAC -21
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Mature sequence | Xtr-Mir-19-P1a_3p |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
mirBase accession | MIMAT0003566 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence |
35- UGUGCAAAUCUAUGCAAAACUGA -58
Get sequence
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-19a |