| MirGeneDB ID | Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Tropical clawed frog (Xenopus tropicalis) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | xtr-mir-17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Xtr-Mir-17-P1c Xtr-Mir-17-P2a Xtr-Mir-17-P2c Xtr-Mir-17-P4a Xtr-Mir-17-P4c Xtr-Mir-17-P4d | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Dre-Mir-17-P1a1 Dre-Mir-17-P1a2 Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1a2 Hsa-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mal-Mir-17-P1a1 Mal-Mir-17-P1a2 Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tgu-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a1 Tni-Mir-17-P1a2 Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (xenTro9_add) |
chr2: 120020393-120020454 [-] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a) |
Mir-92-P1a
chr2: 120019748-120019807 [-]
UCSC
Ensembl
Mir-19-P2a chr2: 120019867-120019928 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P4a chr2: 120019995-120020054 [-] UCSC Ensembl Mir-19-P1a chr2: 120020122-120020179 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P2a chr2: 120020263-120020327 [-] UCSC Ensembl Mir-17-P1a chr2: 120020393-120020454 [-] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | GCUGUGUCCAGCUGUUGUCAAGAGUAAUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUGAUUUAACAGAACCUACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGCAUUAUAUUGACAGUGUUUUCUAGAGGCAAAGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 60 GCUGUGUCCAGCUGUUG---| GA CA- A G G UGAUUU UCAA GUAAUGU AAGUGCUU CA UGCAG UAG A AGUU UAUUACG UUCACGGA GU ACGUC AUC A AAACGGAGAUCUUUUGUGAC^ A- AUG A G - CAAGAC 120 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Xtr-Mir-17-P1a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0003564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-17-5p |
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| Star sequence | Xtr-Mir-17-P1a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0003565 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
39- ACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGC -62
Get sequence
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| Proposed targets |
TargetScanVert: xtr-miR-17-3p |
