| MirGeneDB ID | Tgu-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Family name | MIR-17 (all species) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Seed | AAAGUGC | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Species | Zebra finch (Taeniopygia guttata) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| MiRBase ID | tgu-mir-17a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Paralogues | Tgu-Mir-17-P1c Tgu-Mir-17-P2a Tgu-Mir-17-P2c Tgu-Mir-17-P4a Tgu-Mir-17-P4c | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Orthologues | Aca-Mir-17-P1a Ami-Mir-17-P1a Bta-Mir-17-P1a Cfa-Mir-17-P1a Cja-Mir-17-P1a Cli-Mir-17-P1a Cmi-Mir-17-P1a Cpi-Mir-17-P1a Cpo-Mir-17-P1a Dno-Mir-17-P1a Dre-Mir-17-P1a1 Dre-Mir-17-P1a2 Eca-Mir-17-P1a Ete-Mir-17-P1a Gga-Mir-17-P1a Gja-Mir-17-P1a Gmo-Mir-17-P1a1 Gmo-Mir-17-P1a2 Hsa-Mir-17-P1a Laf-Mir-17-P1a Lch-Mir-17-P1a Loc-Mir-17-P1a Mal-Mir-17-P1a1 Mal-Mir-17-P1a2 Mdo-Mir-17-P1a Mml-Mir-17-P1a Mmr-Mir-17-P1a Mmu-Mir-17-P1a Mun-Mir-17-P1a Neu-Mir-17-P1a Oan-Mir-17-P1a Ocu-Mir-17-P1a Pab-Mir-17-P1a Pbv-Mir-17-P1a Rno-Mir-17-P1a Sha-Mir-17-P1a Spt-Mir-17-P1a Sto-Mir-17-P1a Tni-Mir-17-P1a1 Tni-Mir-17-P1a2 Xla-Mir-17-P1a3 Xla-Mir-17-P1a4 Xtr-Mir-17-P1a | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (locus) | Gnathostomata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Node of Origin (family) | Vertebrata | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Genome context (TaeGut1_add) |
1: 71703517-71703577 [+] UCSC Ensembl | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Clustered miRNAs (< 50kb from Mir-17-P1a) |
Mir-17-P1a
1: 71703517-71703577 [+]
UCSC
Ensembl
Mir-17-P2a 1: 71703664-71703728 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P1a 1: 71703804-71703861 [+] UCSC Ensembl Mir-17-P4a 1: 71703973-71704031 [+] UCSC Ensembl Mir-19-P2a 1: 71704107-71704167 [+] UCSC Ensembl Mir-92-P1a 1: 71704225-71704283 [+] UCSC Ensembl |
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| Precursor (pre-Mir +30nt flank) | AAAAAAACGCUGUUUGCGUCAGAGUAAUGUCAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGUGAUAUAUAGAACCUACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGCAUUAUGUUGACAACUGCCUCAGGAGAUCUUGet precursor sequence | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Structure | 10 20 30 40 50 AAAAAAACGCUGUUUGC-- A CA-| A G G UGAUAU GUCAG GUAAUGU AAGUGCUU CA UGCAG UAG \ CAGUU UAUUACG UUCACGGA GU ACGUC AUC A UUCUAGAGGACUCCGUCAA G AUG^ A G - CAAGAU . 110 100 90 80 70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Deep sequencing |
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| 3' NTU | No | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Motifs | CNNC at 3p(+17) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tissue expression
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| Mature sequence | Tgu-Mir-17-P1a_5p |
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| mirBase accession | MIMAT0017390 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
0- CAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAG -23
Get sequence
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| Star sequence | Tgu-Mir-17-P1a_3p* |
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| mirBase accession | MIMAT0014564 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence |
38- ACUGCAGUGAAGGCACUUGUAGC -61
Get sequence
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